1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...aattaaacagttttttttttttgtgtgtggatacttagcttgaaacaagtattaattaacgacgaccggccatttacaaataatgtttgatatatactagATATATGTTGAAGTTGAAGAGGGCTCACGAGCTACAGCAGCAAAGCTATGCAAGGACTTGGAAGACTATGGTATCCTTCTTATGCCAATGGGCTCATCAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G41120.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGAAATTAAAGGACTGAGAGTGGATATCTCTTCTGTGGAAACCAATATC ATATATGTTGAAGTTGAAGAGGGCTCACGAGCTACAGCAGCAAAGCTATGCEST: gi|254337979|gb|GR845442.1|GR845442
genomic: ATGAAATTAAAGGACTGAGAGTGGATATCTCTTCTGTGGAAACCAATATCgtgagtattt ... tatatactagATATATGTTGAAGTTGAAGAGGGCTCACGAGCTACAGCAGCAAAGCTATGC
EST: ATGAAATTAAAGGACTGAGAGTGGATATCTCTTCTGTGGAAACCAATATC ATATATGTTGAAGTTGAAGAGGGCTCACGAGCTACAGCAGCAAAGCTATGC
genomic: ATGAAATTAAAGGACTGAGAGTGGATATCTCTTCTGTGGAAACCAATATCgtgagtattt ... tatatactagATATATGTTGAAGTTGAAGAGGGCTCACGAGCTACAGCAGCAAAGCTATGC
caagtattaattaacgacgaccggccatttacaaataatgtttgatatatactagATATATGTTGAAGTTGAAGAGGGCTCACGAGCTACAGCAGCAAAGCTATGCAAGGACTTGGAAGACTATGGTATCCTTCTTATGCCAATGGGCTCATCAA
atttacaaataatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattaaacagttttttttttttgtgtgtggatacttagcttgaaacaagtattaattaacgacgaccggccatttacaaataatgtttgatatatactagATATATGTTGAAGTTGAAGAGGGCTCACGAGCTACAGCAGCAAAGCTATGCAAGGACTTGGAAGACTATGGTATCCTTCTTATGCCAATGGGCTCATCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - gtgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccggcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgtttg