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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caggcatcttttcattggataaatttgttaagttcaaattaggtaatatgttttttttccaacaagtcagctatgatgtttttaatgttcataattgcagATATTGTTTATCAGGATCTTCAGACTCTATGATAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G40440.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7924456|gb|AW830482.1|AW830482
EST:     AGAGGGCATACAGATAACATCAGGGCTCTGCTTCTGGATTCTAGTGGCAG                         ATATTGTTTATCAGGATCTTCAGACTCTATGATAAG
genomic: AGAGGGCATACAGATAACATCAGGGCTCTGCTTCTGGATTCTAGTGGCAGgtttgtggag ... ataattgcagATATTGTTTATCAGGATCTTCAGACTCTATGATAAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatgttttttttccaacaagtcagctatgatgtttttaatgttcataattgcagATATTGTTTATCAGGATCTTCAGACTCTATGATAAG
                                  ttttaat  putative branch site (score: 3)
                              atgtttttaatgttca  TA-rich tract