Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcaggatgtgacccaatttgtatctgctttgtttataaaatgcactccagcttaattatgtgacaattgtttctgaaaacagttttatgtatcctatttttcagATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCATGAATTTGTTTCAAATGTTGGCATAATTTAAATCAATATGAACTATTGTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G33270.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6952076|gb|AW424144.1|AW424144
EST:     CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAG                         ATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
genomic: CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAGgtcaggatgt ... tatttttcagATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
EST: gi|120528988|gb|EH257122.1|EH257122
EST:     CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAG                         ATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
genomic: CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAGgtcaggatgt ... tatttttcagATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
EST: gi|6846249|gb|AW348539.1|AW348539
EST:     CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAG                         ATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
genomic: CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAGgtcaggatgt ... tatttttcagATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
EST: gi|120528969|gb|EH257103.1|EH257103
EST:     CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAG                         ATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
genomic: CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAGgtcaggatgt ... tatttttcagATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
EST: gi|15337251|gb|BI497907.1|BI497907
EST:     CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAG                         ATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
genomic: CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAGgtcaggatgt ... tatttttcagATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
EST: gi|120534599|gb|EH262732.1|EH262732
EST:     CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAG                         ATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT
genomic: CCACCGTCGCTCACAGTCACCTTGAAAACAGCACTTCCTGATAAAATGAGgtcaggatgt ... tatttttcagATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttaattatgtgacaattgtttctgaaaacagttttatgtatcctatttttcagATTCTTGCTGGTCAAGCAGCATGTATGGCTTACCTAGAATATGGAGTGCATGAATTTGTTTCAAATGTTGGCATAATTTAAATCAATATGAACTATTGTG
 gcttaat  putative branch site (score: 4)
                                          tcctatttttc  putative PPT
                                 ttttatgtat  TA-rich tract