Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatatatttgctttgtgactttatttagatccccattgtcatatttttgacactgttcatgtctcacattcttggttattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGATCAGATCGTGTTACGTCTCACTCACTCCAGGAGTTGCAGCCCACCAAAAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G07420.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G07420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv08s0217g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
-------------------------------gtaatatatttgctttgtgactttatttagatccccattgtcatatttttg-acactgttcatgtctcacatt------------cttggtt--attttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGATCAGATCGTGTTACGTCTCACTCACTCCAGGAGTTGCAGCCCACCAAAAC
                                |   | |    |  || ||      |    | | ||   | || |||||| | | | |  || |||   |||            ||||| |    | |  |||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||  ||||||| || || ||
gtaagaaaccctcttaacaagctttgttcttttgggagaacctcaatgggatccacatctagtgcacacaattatctttttggatattctctatatctgtaattttaaagctgaaacttgggttggctatgcagGTGACTATGTTGCTCACATCAAATTCACTGTCCTGCTAATGCCAAATGGATCAGATCGGATTACATCTCATTCACTGCAGGAACTGCAGCCTACAAAGAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208090206|gb|GD890043.1|GD890043
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATACCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|193312907|gb|FK282348.1|FK282348
EST:     TGAATCAATAGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGAATC-AT-GAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|208072405|gb|GD869749.1|GD869749
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|207846779|gb|GD818662.1|GD818662
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|193688947|gb|FK632222.1|FK632222
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|193345470|gb|FK309227.1|FK309227
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|208290745|gb|GE087639.1|GE087639
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|207711257|gb|GD694714.1|GD694714
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|193425538|gb|FK387887.1|FK387887
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|207717011|gb|GD699549.1|GD699549
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|193702641|gb|FK639157.1|FK639157
EST:     GTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAAGCCTG                         GTGATTATGTCGCACATNTCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGA
genomic: GTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATG-AAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGA
EST: gi|193559782|gb|FK515029.1|FK515029
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|193325874|gb|FK290313.1|FK290313
EST:     CATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: CATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|208285814|gb|GE085172.1|GE085172
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|207843709|gb|GD816540.1|GD816540
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|208176210|gb|GD973895.1|GD973895
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|193698476|gb|FK634927.1|FK634927
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|208278916|gb|GE080459.1|GE080459
EST:     TGTGAATCATGGGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|18039999|gb|BM308293.1|BM308293
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
EST: gi|208201126|gb|GD999577.1|GD999577
EST:     TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTG                         GTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT
genomic: TGTGAATCATGAGCTCCTGCAACCTTATCCTGTTCTGCATGAAAAGCCTGgtaatatatt ... tattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccattgtcatatttttgacactgttcatgtctcacattcttggttattttttagGTGATTATGTTGCACATATCAAATTCACTGTCTTGCTAATGCCCAATGGATCAGATCGTGTTACGTCTCACTCACTCCAGGAGTTGCAGCCCACCAAAAC
                             gtctcac  putative branch site (score: 3)
                                            ttatttttt  putative PPT
                                        ttggttatttttta  TA-rich tract