Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactttcatgtacacactgaacctatatgcttaattgtaccttgccacttgattctaatttagttttgcatatgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGGGATAACAAATATCATGCGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G43930.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G43930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os11g36470.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
----gtactttcatg-tac-acactgaacctatatgcttaattgtaccttgccacttgattctaatttagttttgcat-atg--cttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGGGATAACAAATATCATGCGGA
    ||  | || || ||| | | ||    |  |   |||  |||   |    | ||  |   || ||| |  || || |||  | |||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| || |||||||| ||
gtaggttttgtcctggtaccagattgtgggttcaca-ttagatgtgtttcattatttattgtcaagttaatgctgtattatggccatgcagACCTTCAACTTGATGTTAAAGGTTGTCGTGATGTGTATGCATCGTTTGATAAATATGTTGAAGTTGAGCGCCTCGAAGGTGATAATAAGTATCATGCAGA

upper sequence: GLYMA02G43930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os12g30540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtactttcatgtacacactgaacctatatgcttaattgtaccttgccacttgattctaatttagttttgcatatgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGGGATAACAAATATCATGCGGA
|||   |  | | |||| ||||| |  |   | | || ||       | ||  | || | | |  ||   |||   ||||||| || ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||| ||
gtaagct--ttttcacattgaacattcagtatcattttta-------atttagtgcttactcatgtt---ataacattgcagATCTACAGCTTGATGTCAAAGGTTGTAGTGATGTTTATGCATCATTTGATAAATATGTCGAAGTGGAGCGTCTAGAGGGTGATAACAAATATCATGCAGA

upper sequence: GLYMA02G43930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g56490.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtactt--tcatgtacacactgaacctatatgcttaattgtaccttgccact-----tgattctaatttagttttgcatatgc---------ttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGGGATAACAAATATCATGCGGA
|||  |    | ||  |  ||| ||||   | ||| |||||   |  | | |     ||||| ||  ||  |  || || | |         ||  ||| |||   |||||||| || |||||| | ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||  |  | ||||| ||||| ||||| ||  | ||
gtaggtgacaaggtgaaatctggaccttgtttctttattgtttttatctattcatcatgattgtagatttatcatgtattttcgtaactcttttctagATCTTGCACTTGATGTCAAGGGCTGTTCAGATGTTTATGCATCATTTGATAAGTATGTTGAAGTAGAGAGATTGGAAGGTGATAATAAATACCAGTCTGA

upper sequence: GLYMA02G43930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G014805_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
----gtactttcatgtacacactgaacctatatgcttaattgtaccttgccacttgattctaatt-tagttttgcatat----gcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGGGATAACAAATATCATGCGGA
    || || |||| ||   | || || |  | |   |||  ||  ||   |    ||   |||  |||||    || |     || ||||| || || |||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||  |||| || || |||||||| || ||||||||
gtaggttctgtcattta---attgtacttgcaggaa-aatcatatatttatatgatatataaataatagttgcctatgtcatgactggcagATCTACAACTTGATGTGAAAGGTTGTCGTGATGTTTATGCATCATTTGATAAGTATGTGGAAGTGGAGAGTCTAGAGGGTGATAACAAGTACCATGCGGA

upper sequence: GLYMA02G43930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv06s0009g00960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtactttcatgtacacactgaacctatatgcttaattgtaccttgccacttgattctaatttagttttgcatatgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGGGATAACAAATATCATGCGGA
||||||   | || |          | |||| | |||     |      || |||  ||  ||  || |  | || | |||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||
gtacttat-tttatatttatggttgaaatgcctgatttagtgtctgtttttcattgcaaaataaatt-gtttgtg-tggcagACCTTCAGCTGGATGTCAAAGGTTGTCATGATGTTTATGCTTCTTTTGATAAGTACGTAGAAGTTGAGCGCCTAGAAGGGGATAACAAATATCATGCTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254342408|gb|GR858570.1|GR858570
EST:     CGAATGCATCAATGTTGACTATAAATCAACTAGAAAGGAGTCATTTTATG                         ACCTTCAGCTTGATGTGAAGGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACA
genomic: CGAATGCATCAATGTGGACTATAAATCAACTAGAAAGGAGTCATTTTATGgtactttcat ... atgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACA
EST: gi|120496383|gb|EH224550.1|EH224550
EST:     CGAATGCATCAATGTTGACTATAAATCAACTAGAAAGGAGTCATTTTATG                         ACCTTCAGCTTGATGTGAAGGGATGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACA
genomic: CGAATGCATCAATGTGGACTATAAATCAACTAGAAAGGAGTCATTTTATGgtactttcat ... atgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACA
EST: gi|254342407|gb|GR858569.1|GR858569
EST:     CGAATGCATCAATGTTGACTATAAATCAACTAGAAAGGAGTCATTTTATG                         ACCTTCAGCTTGATGTGAAGGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACA
genomic: CGAATGCATCAATGTGGACTATAAATCAACTAGAAAGGAGTCATTTTATGgtactttcat ... atgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACA
EST: gi|209717383|gb|BW659059.1|BW659059
EST:     CGAATGCATCAATGTGGACTATAAATCAACTAGAAAGGAGTCATTTTATG                         ACCTTCAGCTTGATGTGAAGGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACA
genomic: CGAATGCATCAATGTGGACTATAAATCAACTAGAAAGGAGTCATTTTATGgtactttcat ... atgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgcttaattgtaccttgccacttgattctaatttagttttgcatatgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGGGATAACAAATATCATGCGGA
                          ttctaat  putative branch site (score: 2)
                         attctaatttagtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactttcatgtacacactgaacctatatgcttaattgtaccttgccacttgattctaatttagttttgcatatgcttgcagACCTTCAGCTTGATGTGAAAGGCTGTCCTGATGTTTATGCTTCCTTTGACAAGTATGTTGAAGTTGAACGTCTTGAAGGGGATAACAAATATCATGCGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG