Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcatacgcacacaactgaatagtattactatatatattggagagggaagacatatgatatatgcatataaattaataaattctaactgagctttttcttatctcacagATGACTTTGTGGTGTATGGCAAAGTCTCCCATTATGTATGGAGGGGATCTACGGAACATTGATGCTTGGACCCTTGGTCTTATCACAAATCCTACCCTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G43530.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G43530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv01s0137g00630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtatgcatacgcacacaactgaatagtattactatatatattgga-gagggaagacatatgatatatgcatataaattaataaattctaactgagcttt--ttcttatctcacagATGACTTTGTGGTGTATGGCAAAGTCTCCCATTATGTATGGAGGGGATCTACGGAACATTGATGCTTGGACCCTTGGTCTTATCACAAATCCTACCCTTT
                         ||||     || |  |   | |||  ||  |   | |||  |  | |  |||| |    |  |   ||| |||   || |   || |||||||||||| |||| |||||||||||||||  | |||| ||| || ||| |  || |  | || |     ||       ||| | |||||||| | |||  
-------------------------gtatgtgcgtacaagtgacatgagttaattctctttatacttcaaaaataattgagctctcttttttgaccttgagttttctccttacagATGACTTTATGGTCTATGGCAAAGTCTCCACTAATGTTTGGTGGAGATGTGAGGGATCTCGACGACCCTACATACAAACTTCTTACAAATCCCATCCTGC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgatatatgcatataaattaataaattctaactgagctttttcttatctcacagATGACTTTGTGGTGTATGGCAAAGTCTCCCATTATGTATGGAGGGGATCTACGGAACATTGATGCTTGGACCCTTGGTCTTATCACAAATCCTACCCTTT
                          ttctaac  putative branch site (score: 1)
                                     ctttttcttatctcac  putative PPT
     atatgcatataaatta  TA-rich tract