1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tatgtgttcccccgcgacatatttgtctgcatataagaaagtaattttacatcatatatgtttccctcttgttaatgtacttttacacaatcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGTACAAGTGGCTCCCTTGATGGACAGCAGAGATTGGTTGTAAAGGGAAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G40310.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTTTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|192332834|gb|FK026835.1|FK026835
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|21479883|gb|BQ576566.1|BQ576566
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTTTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|151412916|gb|EV282728.1|EV282728
genomic: GAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|209728549|gb|BW663549.1|BW663549
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTTTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|254337821|gb|GR849560.1|GR849560
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|213611450|gb|DB976885.1|DB976885
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTTTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|58022083|gb|CX708824.1|CX708824
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|8827357|gb|BE211087.1|BE211087
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|214007895|gb|DB986470.1|DB986470
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTTTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|58020605|gb|CX707347.1|CX707347
genomic: GGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|254337820|gb|GR849559.1|GR849559
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|16347705|gb|BI973300.1|BI973300
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgtttaa ... tcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
tttacatcatatatgtttccctcttgttaatgtacttttacacaatcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGTACAAGTGGCTCCCTTGATGGACAGCAGAGATTGGTTGTAAAGGGAAGG
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttaatgtactttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatgtgttcccccgcgacatatttgtctgcatataagaaagtaattttacatcatatatgtttccctcttgttaatgtacttttacacaatcttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCTTTCTTGCTTGCTGAATTGGGTACAAGTGGCTCCCTTGATGGACAGCAGAGATTGGTTGTAAAGGGAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - ttccccc
- - - - - - - - - - - - - -tgcatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgtac