Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttactttacaaatgtctggatgcctattaagtgttttggtgtaccagtttttttttttattgactaaattttcttatttagGTGGTATAAGTATGCTTCTATGGGCTTGACAGTGTTTGGTGCTTATCTGATAGCCAAGCATGCTATTCGGTACATATTGGAAAGACGGCGTCGCAGCGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G16860.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192326738|gb|FK018895.1|FK018895
EST:     TCTCCCAAAACAATTGATCAACTAATTGCAAATCTGGGGAAATGGGCAAG                         GTGGTATAAGTATGCTTCTATGGGCTTGACAGTGTTTGGTGCTTATCTGAT
genomic: TCTCCCAAAACAATTGATCAACTAATTGCAAATCTGGGGAAATGGGCAAGgttactttac ... tcttatttagGTGGTATAAGTATGCTTCTATGGGCTTGACAGTGTTTGGTGCTTATCTGAT
EST: gi|192334195|gb|FK026576.1|FK026576
EST:     TCTCCCAAAACAATTGATCAACTAATTGCAAATCTGGGGAAATGGGCAAG                         GTGGTATAAGTATGCTTCTATGGGCTTGACAGTGTTTGGTGCTTATCTGAT
genomic: TCTCCCAAAACAATTGATCAACTAATTGCAAATCTGGGGAAATGGGCAAGgttactttac ... tcttatttagGTGGTATAAGTATGCTTCTATGGGCTTGACAGTGTTTGGTGCTTATCTGAT
EST: gi|192323713|gb|FK016019.1|FK016019
EST:     TCTCCCAAAACAATTGATCAACTAATTGCAAATCTGGGGAAATGGGCAAG                         GTGGTATAAGTATGCTTCTATGGGCTTGACAGTGTTTGGTGCTTATCTGAT
genomic: TCTCCCAAAACAATTGATCAACTAATTGCAAATCTGGGGAAATGGGCAAGgttactttac ... tcttatttagGTGGTATAAGTATGCTTCTATGGGCTTGACAGTGTTTGGTGCTTATCTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaagtgttttggtgtaccagtttttttttttattgactaaattttcttatttagGTGGTATAAGTATGCTTCTATGGGCTTGACAGTGTTTGGTGCTTATCTGATAGCCAAGCATGCTATTCGGTACATATTGGAAAGACGGCGTCGCAGCGAA
                                   gactaaa  putative branch site (score: 2)
                                          ttttcttattt  CT-rich tract
                   agtttttttttttatt  TA-rich tract