1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ggtgggtggcctgtggtgtctattaattagcatagcattacttagtagttggtatgctttgcacttatgattggcggaatggtggttttttgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAACTTTGTCCTTTGAATATCTTGCCACCTTGTCGTAGCAGACTCTTCAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G03080.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|51338002|gb|CO981868.1|CO981868
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|213593195|gb|DB975675.1|DB975675
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: TATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|151406873|gb|EV276688.1|EV276688
genomic: TATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|9819785|gb|BE555298.1|BE555298
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|13482427|gb|BG511770.1|BG511770
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: GTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|58016185|gb|CX702927.1|CX702927
genomic: GTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|7233061|gb|AW568412.1|AW568412
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|15199292|gb|BI423757.1|BI423757
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|254323000|gb|GR839913.1|GR839913
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: TCTATGTTAAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|22540994|gb|BU090837.1|BU090837
genomic: TCTATGTT-AAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAGTTCAGAEST: gi|13787399|gb|BG649991.1|BG649991
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|58019317|gb|CX706059.1|CX706059
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|151406023|gb|EV275838.1|EV275838
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|6666275|gb|AW277734.1|AW277734
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|27427278|gb|CA938798.1|CA938798
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAEST: gi|58016174|gb|CX702916.1|CX702916
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
EST: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAG ACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
genomic: ATCCATCTGATCTATTTACCAATGTCTATGTTAAAGGTTACGGAGTTGAGgtattgattt ... tgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGA
tagttggtatgctttgcacttatgattggcggaatggtggttttttgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAACTTTGTCCTTTGAATATCTTGCCACCTTGTCGTAGCAGACTCTTCAAA
ttttttgt CT-rich tract
ttttttgtatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtgggtggcctgtggtgtctattaattagcatagcattacttagtagttggtatgctttgcacttatgattggcggaatggtggttttttgtattgcagACATTTGGTGCTGATAGGAAAGAAGTGAGAGCTACTTTACCATAATTCAGAACTTTGTCCTTTGAATATCTTGCCACCTTGTCGTAGCAGACTCTTCAAA
- -gggtggc
- - - - - -tgtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - gcattac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atggtgg