Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgaactcatttactctcattagtaacataaacatggagacactcactctaaacttagatttttgaatatgtttctgacaatggttgttttgttactttacagATGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGGTGGGCATGCTATCATTCGAGAGTCCACTTATTTTGTGGATGCCATTGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G35220.5
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6566331|gb|AW234004.1|AW234004
EST:     ATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAG---A                         -TGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGG
genomic: ATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGAgtatgtgaac ... tactttacagATGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGG
EST: gi|51342372|gb|CO983451.1|CO983451
EST:     ATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAG---A                         -TGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGG
genomic: ATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGAgtatgtgaac ... tactttacagATGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGG
EST: gi|209727324|gb|BW663333.1|BW663333
EST:     ATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGA                         ATGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGACCGAATTTTAAGGCCTGG
genomic: ATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGAgtatgtgaac ... tactttacagATGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGG
EST: gi|10843315|gb|BF067170.1|BF067170
EST:     ATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAG---A                         -TGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGG
genomic: ATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGAgtatgtgaac ... tactttacagATGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaaacttagatttttgaatatgtttctgacaatggttgttttgttactttacagATGTGAAATGAAGTATGTGTTGCTGGAAATGGATCGAATTTTAAGGCCTGGTGGGCATGCTATCATTCGAGAGTCCACTTATTTTGTGGATGCCATTGCT
                        ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                       ttttgtt  putative PPT
      ttagatttttgaatat  TA-rich tract