1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtagcttctgaaacatttttttatcaactaaaaaaagataaaggataaatatattttggtgtactcaatactgtttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G20670.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|254337504|gb|GR845181.1|GR845181
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: TCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTEST: gi|31560965|gb|CD486803.1|CD486803
genomic: TCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATG-TTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|5508981|gb|AI855539.1|AI855539
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|254337503|gb|GR845180.1|GR845180
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTEST: gi|57575208|gb|CX548183.1|CX548183
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATG-TTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|24135564|gb|BU926074.1|BU926074
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|23731238|gb|BU763731.1|BU763731
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|254343685|gb|GR857441.1|GR857441
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|192311570|gb|FK003523.1|FK003523
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCT-TTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCCGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|254341730|gb|GR852867.1|GR852867
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|21888703|gb|BQ741916.1|BQ741916
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|151395622|gb|EV265499.1|EV265499
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|7146671|gb|AW508593.1|AW508593
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|254343686|gb|GR857442.1|GR857442
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTEST: gi|31305618|gb|CD390821.1|CD390821
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
aaaaaaagataaaggataaatatattttggtgtactcaatactgtttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG
aagataaaggataaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagcttctgaaacatttttttatcaactaaaaaaagataaaggataaatatattttggtgtactcaatactgtttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTTCTTCGCAACAGTCAACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT