1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...acaaattacctatgcttaatgaaattaactttctccaatgtctttgcctgactatattttacattcttttattttcttactgtgatgcaatttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTGCAACAACTGCTCCCCTTACTAGCCAAGATTTTGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G09400.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|193626044|gb|FK576198.1|FK576198
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|6341849|gb|AW164673.1|AW164673
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|208271090|gb|GE066164.1|GE066164
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTEST: gi|22927847|gb|BU544986.1|BU544986
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAG CTGNNNGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|193340719|gb|FK308340.1|FK308340
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: CCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTEST: gi|15203048|gb|BI425816.1|BI425816
genomic: CCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
EST: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAG CTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
genomic: TCCATCCACAGTTAGCTCCCTTGAATGGTGGATTAAAGGAACCAAATCAGgtattgatcc ... tttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTT
gcctgactatattttacattcttttattttcttactgtgatgcaatttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTGCAACAACTGCTCCCCTTACTAGCCAAGATTTTGATG
ttcttac putative branch site (score: 2)
actatattttacattc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acaaattacctatgcttaatgaaattaactttctccaatgtctttgcctgactatattttacattcttttattttcttactgtgatgcaatttgcaatagCTGCCTGATGTATGGGAGGATGAACTTCACAATGTTGTACAGATGAGCTTTGCAACAACTGCTCCCCTTACTAGCCAAGATTTTGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - cctatgc
- - - - - - - - - - gaaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - ttctcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgca