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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccaagagcgtgtgttcaaaaaagtatgttaaggaagtgtgttgatagcctttctcttgtattattgatgatagtatctaaggctatctttttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA0084S00210.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31466779|gb|CD408807.1|CD408807
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|151395373|gb|EV265244.1|EV265244
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|120495393|gb|EH223560.1|EH223560
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|213615448|gb|DB965520.1|DB965520
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|19348874|gb|BM893406.1|BM893406
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|120529743|gb|EH257877.1|EH257877
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|192299755|gb|FG990050.1|FG990050
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTCATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTACTTCAA-G
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|214006768|gb|DB987650.1|DB987650
EST:     ATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: ATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|209727805|gb|BW658729.1|BW658729
EST:     TCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: TCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|192314929|gb|FK010747.1|FK010747
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|214009602|gb|DB988311.1|DB988311
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|51343312|gb|CO984045.1|CO984045
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|31465032|gb|CD407060.1|CD407060
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
EST: gi|120494745|gb|EH222912.1|EH222912
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTT-ATCTTTATCACTTGCGATTTT-AACG                         ACACTAACGGGTGGTCTTGGAATGCTTAGTCG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTG-GATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCG
EST: gi|120529184|gb|EH257318.1|EH257318
EST:     GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACG                         ACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
genomic: GCGATGGAAACGTTCCTTTATCTTTATCACTTGGATTTTTAACGgtaagaaccg ... ttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcctttctcttgtattattgatgatagtatctaaggctatctttttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG
                tattgat  putative branch site (score: 3)
                                     ctatctttttttctgc  putative PPT
             tattattgatgata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ccaagagcgtgtgttcaaaaaagtatgttaaggaagtgtgttgatagcctttctcttgtattattgatgatagtatctaaggctatctttttttctgcagACACTAACGGCTGGTCTTGGTATGCTTAGTCGTATTTCAAAG

- - - - gtgtgtt
- - - - -tgtgttc
- - - - - - - - aaaaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgat