1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tctctgaatgataatatgggctatttgttccaatcttaaaaggacaaaaaacaaaataaactgcagcctgattgaaataggactgttgttgtggttgtagGTAATGGAGCAGTTGGTTAGTAGACTTGATGTGGCAATGTTCAATGCTATTCTTCGTGAATCCGCTGAAGAGATGCCCATGGATCCTATATCAGATCCCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G35050.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCGAGCTGGAGGGCATGAGTGCGGCTGCTTGCTAGTGATAGCTAGATTG GTAATGGAGCAGTTGGTTAGTAGACTTGATGTGGCAATGTTCAATGCTATTEST: gi|18040459|gb|BM308753.1|BM308753
genomic: TTCGAGCTGGAGGGCATGAGTGCGGCTGCTTGCTAGTGATAGCTAGATTGgtacaattta ... gtggttgtagGTAATGGAGCAGTTGGTTAGTAGACTTGATGTGGCAATGTTCAATGCTATT
EST: TTCGAGCTGGAGGGCATGAGTGCGGCTGCTTGCTAGTGATAGCTAGATTG GTAATGGAGCAGTTGGTTAGTAGACTTGATGTGGCAATGTTCAATGCTATT
genomic: TTCGAGCTGGAGGGCATGAGTGCGGCTGCTTGCTAGTGATAGCTAGATTGgtacaattta ... gtggttgtagGTAATGGAGCAGTTGGTTAGTAGACTTGATGTGGCAATGTTCAATGCTATT
aaaaaacaaaataaactgcagcctgattgaaataggactgttgttgtggttgtagGTAATGGAGCAGTTGGTTAGTAGACTTGATGTGGCAATGTTCAATGCTATTCTTCGTGAATCCGCTGAAGAGATGCCCATGGATCCTATATCAGATCCCA
gcctgat putative branch site (score: 4)
acaaaataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctctgaatgataatatgggctatttgttccaatcttaaaaggacaaaaaacaaaataaactgcagcctgattgaaataggactgttgttgtggttgtagGTAATGGAGCAGTTGGTTAGTAGACTTGATGTGGCAATGTTCAATGCTATTCTTCGTGAATCCGCTGAAGAGATGCCCATGGATCCTATATCAGATCCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
-ctctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcagcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actgttg