Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaacaacgtgctacccctttgtgcattttccatatgagagaagagggattgaatttctcaagttacttatgaatataatatgatgcttaaaatattgtccagGATGGCTTATGCTTTCTCTAGAGATGGGGCAATGCCATTGTCATCATTGTGGCACCAAGTTAACAACCAGGAGGTCCCTATATATGCAGTATGGCTTTCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G25670.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G25670.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv01s0011g04210.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtaaacaacgtgctacccctttgtgcattttccatatgagagaagagggattgaatttctcaagttacttatgaatataat-atgatgcttaaaatattgtc-cagGATGGCTTATGCTTTCTCTAGAGATGGGGCAATGCCATTGTCATCATTGTGGCACCAAGTTAACAACCAGGAGGTCCCTATATATGCAGTATGGCTTTCT
|||| ||   |||| |     ||     ||  ||||||| |        | |     | | || || ||||   |  || | | |||||| |||||    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||  | ||||||||  |||| |||   ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||
gtaacca---tgct-cattactgatttcttctcatatgacaaggatttcacttgggattttaa-ttccttagagacctactgaagatgctgaaaattccttctcagGATGGCTTATGCTTTCTCTAGAGATGGTGCAATGCCTTTTTCGCCCTTGTGGCATAAAGTGAACTCACAGGAGGTCCCCATAAATGCAGTTTGGCTTTCT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgaatttctcaagttacttatgaatataatatgatgcttaaaatattgtccagGATGGCTTATGCTTTCTCTAGAGATGGGGCAATGCCATTGTCATCATTGTGGCACCAAGTTAACAACCAGGAGGTCCCTATATATGCAGTATGGCTTTCT
               ttacttatgaatataa  TA-rich tract