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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgaaatttcttattgaagcaattttgaacttcctcttgctttattgtgtgtggttttgaacattcataatcacgacaaacttttagtcttttcctccctttctctccggacacacacctacttgagagactggattccttaaaggaagaatttatatcttatctgtttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGTGGATCTGGTTGTGATGGGGGATATCCCTTGTATGCGTGGCAATACTTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41120.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G41120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv07s0005g02820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtaagtgaaatttcttattgaagcaattttgaacttcctcttgctttattgtgtgtggttttgaacattcataatcacgacaaacttttagtcttttcctccctttctctccggacacacacctacttgagagactggattccttaaaggaagaatttatatcttatctgtttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGTGGATCTGGTTGTGATGGGGGATATCCCTTGTATGCGTGGCAATACTTAG
                                                                                               |  ||    ||   |  | |     ||  |||||| |   |   || |          |  ||    | ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||  | ||||| |||| ||| ||  
----------------------------------------------------------------------------------------------gtatcttgtatttgttatgaatg---acaaacttgacactttttcttacgattctagtcatattgatccctatatgttttattgcagAATATTTCTCTCTCTGTAAATGATCTCTTAGCATGCTGTGGCTTTTTGTGTGGAAGTGGTTGTGATGGGGGTTATCCTCTTTATGCATGGCGATATTTTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22524028|gb|BU082839.1|BU082839
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|9258700|gb|BE346847.1|BE346847
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|7925196|gb|AW831222.1|AW831222
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|7796797|gb|AW782191.1|AW782191
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTNTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|254322390|gb|GR837804.1|GR837804
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATCACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|298196328|gb|HO044719.1|HO044719
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|7925061|gb|AW831087.1|AW831087
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTATCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|18848714|gb|BM567826.1|BM567826
EST:     CATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: CATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|7591427|gb|AW707160.1|AW707160
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTNTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|192330291|gb|FK020576.1|FK020576
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|13480326|gb|BG509669.1|BG509669
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|192314667|gb|FK005949.1|FK005949
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|6914718|gb|AW396248.1|AW396248
EST:     CTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: CTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|120493127|gb|EH221294.1|EH221294
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|6454707|gb|AW185390.1|AW185390
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|151407971|gb|EV277786.1|EV277786
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|9986531|gb|BE660639.1|BE660639
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGNTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|9986532|gb|BE660640.1|BE660640
EST:     TTGGTGCTGNTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGGTAATGACCTTCTTGCATGCTGGGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|23064266|gb|BU579039.1|BU579039
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|254320264|gb|GR831072.1|GR831072
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|19452880|gb|BM954290.1|BM954290
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGGTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGG
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGG
EST: gi|24136646|gb|BU927156.1|BU927156
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|19934893|gb|BQ079914.1|BQ079914
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|22524928|gb|BU083739.1|BU083739
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|192314666|gb|FK005948.1|FK005948
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|6482896|gb|AW202106.1|AW202106
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|19452860|gb|BM954270.1|BM954270
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTT
EST: gi|7692565|gb|AW760668.1|AW760668
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|298174540|gb|HO017763.1|HO017763
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|23733671|gb|BU765041.1|BU765041
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGCTAATGACCTTCCTGCATGCTGTGGCTCTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|21889139|gb|BQ742352.1|BQ742352
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|11688232|gb|BF595908.1|BF595908
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTCTTGCATTCATTCTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTATCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
EST: gi|24205547|gb|BU964800.1|BU964800
EST:     TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTA                         AATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT
genomic: TTGGTGCTGTTGAATCATTGTCAGATCGCTTTTGCATTCATTTTGATGTAgtaagtgaaa ... ttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgagagactggattccttaaaggaagaatttatatcttatctgtttaattgcagAATATCTCTCTCTCTGTTAATGACCTTCTTGCATGCTGTGGCTTTCTGTGTGGATCTGGTTGTGATGGGGGATATCCCTTGTATGCGTGGCAATACTTAG
                                           gtttaat  putative branch site (score: 4)
                                        tctgttt  CT-rich tract
                        aagaatttatatctta  TA-rich tract