1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...aactggtgaccaaggcacaaaattactactgtgccgtgcctcaccctcaaatgattgatgtttaagtttgtttaattgattattgatgattattgtttagCCCACAGCGAATGGCGACATAGAAAGTAGTGAAGGTGATGATGATAGCGATGATGATGAGGAGGAGGAGGGGGATGATGAATCTGATGAGGAGACAGCCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G37540.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGACGATTCATCCGAATCTGATTCTGATGATGATTCAAGTGAAGATAAG CCCACAGCGAATGGCGACATAGAAAGTAGTGAAGGTGATGATGATAGCGATEST: gi|208221484|gb|GE019040.1|GE019040
genomic: ATGACGATTCATCCGAATCTGATTCTGATGATGATTCAAGTGAAGATAAGgtatttatat ... tattgtttagCCCACAGCGAATGGCGACATAGAAAGTAGTGAAGGTGATGATGATAGCGAT
EST: ATGACGATTCATCCGAATCTGATTCTGATGATGATTCAAGTGAAGATAAG CCCACAGCGAATGGCGACATAGAAAGTAGTGAAGGTGATGATGATAGCGAT
genomic: ATGACGATTCATCCGAATCTGATTCTGATGATGATTCAAGTGAAGATAAGgtatttatat ... tattgtttagCCCACAGCGAATGGCGACATAGAAAGTAGTGAAGGTGATGATGATAGCGAT
ctcaaatgattgatgtttaagtttgtttaattgattattgatgattattgtttagCCCACAGCGAATGGCGACATAGAAAGTAGTGAAGGTGATGATGATAGCGATGATGATGAGGAGGAGGAGGGGGATGATGAATCTGATGAGGAGACAGCCA
tattgat putative branch site (score: 3)
tttaagtttgtttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aactggtgaccaaggcacaaaattactactgtgccgtgcctcaccctcaaatgattgatgtttaagtttgtttaattgattattgatgattattgtttagCCCACAGCGAATGGCGACATAGAAAGTAGTGAAGGTGATGATGATAGCGATGATGATGAGGAGGAGGAGGGGGATGATGAATCTGATGAGGAGACAGCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- -tggtgac
- - - - - - - gcacaaa
- - - - - - - - - - - - actactg
- - - - - - - - - - - - - - - - -ccgtgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgat