Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctcttatggacaaacaaatagggcctgaaagcatggactaaacataaacttactgcataccttgcttctcatttatttcttacagtaatgattgctgaaatgtgtaccttgatgtctttcttgatcagGCAGCAGACAATACAACACTTTATGGAGTTTGCTTACATGTGCCTGAAATTGTTCAGAGGCCCCCTGGTATCTTAGGCATATCATCTCCTTTTTCTCATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G35330.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G35330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv07s0005g04510.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtctcttatggacaaacaaatagggcctgaaagcatggactaaacataaacttactgcataccttgcttctcatttatttcttacagtaatgattgctgaaatgtgtaccttgatgtctttcttgatcagGCAGCAGACAATACAACACTTTATGGAGTTTGCTTACATGTGCCTGAAATTGTTCAGAGGCCCCCTGGTATCTTAGGCATATCATCTCCTTTTTCTCATC
                         ||       |||   ||    | |  ||      ||   || |  |  | |||     |||| | |   || |       |    || ||||  || |||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | | |||| |||| ||||    ||||| ||  |||| || |
-------------------------cccccttttatg--ttatgtgtcag-ttgtcttgtagtgtgatgatt-tatataagagacaggagtaggtgattggtaaagaggttttatgtgctt-ttgatcagGTGGCAGACAATGCAACACTTTATGGTGTTTGCTTACTTGTGCCAGAAATTGTTCAGAAGGCACCTGCTATCCTAGGTGCCTCATCACCCCTTTCACACC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttcttacagtaatgattgctgaaatgtgtaccttgatgtctttcttgatcagGCAGCAGACAATACAACACTTTATGGAGTTTGCTTACATGTGCCTGAAATTGTTCAGAGGCCCCCTGGTATCTTAGGCATATCATCTCCTTTTTCTCATC
                                       tgtctttctt  CT-rich tract
            taatgatt  TA-rich tract