Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtttcatttgtcccttttaacttataacttatccttattaattcctttccctttgtactctttagtcttgttacttttctattttatgttttttctctgtaatacttttgtgattcttttaagcaaatgaactgatgctgagaattgacaatgctatttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAGATCAGGGGTTACCTTGACCTTGTTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G03360.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208125210|gb|GD921010.1|GD921010
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCAACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCTTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|193454073|gb|FK419184.1|FK419184
EST:     ATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTAGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: ATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|208210642|gb|GE011717.1|GE011717
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAAC
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAAC
EST: gi|207716296|gb|GD697574.1|GD697574
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGGAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|208327316|gb|GE118086.1|GE118086
EST:     GAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: GAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|193349343|gb|FK316501.1|FK316501
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|208278052|gb|GE073939.1|GE073939
EST:     GAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: GAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|208336616|gb|GE135076.1|GE135076
EST:     TTGCTTTAGTAGTATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: TTGC-TTAG-AG-ATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|208311173|gb|GE102977.1|GE102977
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|208202192|gb|GD998319.1|GD998319
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|207747114|gb|GD718335.1|GD718335
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|193357719|gb|FK320565.1|FK320565
EST:     ACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: ACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAA-CCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|207761835|gb|GD734136.1|GD734136
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCAACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCTTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAG
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAG
EST: gi|193425604|gb|FK391691.1|FK391691
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCAACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCTTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|193324025|gb|FK291773.1|FK291773
EST:     CACTTGCTTAGAGATATGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|193421468|gb|FK389627.1|FK389627
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: gi|193708925|gb|FK644603.1|FK644603
EST:     CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA                         GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gattcttttaagcaaatgaactgatgctgagaattgacaatgctatttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAGATCAGGGGTTACCTTGACCTTGTTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAAC
                               aattgac  putative branch site (score: 3)
                                          ctattttt  putative PPT
                                           tatttttacata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggtttcatttgtcccttttaacttataacttatccttattaattcctttccctttgtactctttagtcttgttacttttctattttatgttttttctctgtaatacttttgtgattcttttaagcaaatgaactgatgctgagaattgacaatgctatttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAGATCAGGGGTTACCTTGACCTTGTTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA