1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtgagtgtcaacttcctctacatttcttttttatttatcaactacatattctatccatgtacacaatttttgtccatctgcctttggatcctcttttctatcgtttgatgtcagtatagggagagtagaattctactatcttattttgggaggtttgacattgctttgtgattcagGTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGCCAAGATAATGAAGAGGTCAGTGGTGATGAAGACAGTGAGGAGGAAGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G02820.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCA GTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGCEST: gi|27423457|gb|CA934977.1|CA934977
genomic: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCAgtgagtgtca ... tgtgattcagGTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGC
EST: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCA GTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGCEST: gi|193536258|gb|FK489148.1|FK489148
genomic: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCAgtgagtgtca ... tgtgattcagGTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGC
EST: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCA GTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATEST: gi|31462199|gb|CD404227.1|CD404227
genomic: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCAgtgagtgtca ... tgtgattcagGTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACAT
EST: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCA GTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGCEST: gi|193585227|gb|FK540754.1|FK540754
genomic: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCAgtgagtgtca ... tgtgattcagGTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGC
EST: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCA GTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCTGAGCACATAGCTAAGCTACGC
genomic: CAATAGAACAACACAAGGGTAAACTTGTGGTTAAGGAGGCAGCTAGAGCAgtgagtgtca ... tgtgattcagGTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGC
agagtagaattctactatcttattttgggaggtttgacattgctttgtgattcagGTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGCCAAGATAATGAAGAGGTCAGTGGTGATGAAGACAGTGAGGAGGAAGAAG
gtttgac putative branch site (score: 4)
ttgcttt CT-rich tract
tactatcttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtgtcaacttcctctacatttcttttttatttatcaactacatattctatccatgtacacaatttttgtccatctgcctttggatcctcttttctatcgtttgatgtcagtatagggagagtagaattctactatcttattttgggaggtttgacattgctttgtgattcagGTGAGTGAACGTGATGATAAATTGCTTGCCGAGCACATGGCTAAGCTACGCCAAGATAATGAAGAGGTCAGTGGTGATGAAGACAGTGAGGAGGAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG