1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttggaacaccaatattattatatctgatgcatggatttattcttttgacattcaagggtatctatctcgtcagtggctgatgttaacattcctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGAAGCGGCTCTATGCTACCAACTCACTATTTAGTACTTGGGACAAACAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G00590.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|213598183|gb|DB979859.1|DB979859
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|308098167|gb|HO761338.1|HO761338
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|254343360|gb|GR857064.1|GR857064
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|213592429|gb|DB983093.1|DB983093
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: TATAACTGATGATGGCT-AAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|6454871|gb|AW185620.1|AW185620
genomic: TATAACTGATGATGG-TGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATGACTGATGATGGTGATACATGGCAAGCTGAAGTTCCACAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|6072260|gb|AW101647.1|AW101647
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|22930562|gb|BU547701.1|BU547701
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|10847443|gb|BF070130.1|BF070130
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTNTAGATGGGEST: gi|193371941|gb|FK334164.1|FK334164
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAG-TCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGEST: gi|209712695|gb|BW684625.1|BW684625
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGA-GGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|7458575|gb|AW666025.1|AW666025
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|207727252|gb|GD700864.1|GD700864
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|254347237|gb|GR853486.1|GR853486
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|11413376|gb|BF425387.1|BF425387
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|22928395|gb|BU545534.1|BU545534
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|192328285|gb|FK022919.1|FK022919
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|213605527|gb|DB974270.1|DB974270
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|192301363|gb|FG998383.1|FG998383
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATGACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|209723718|gb|BW662586.1|BW662586
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|17023657|gb|BM094691.1|BM094691
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|192321461|gb|FK011747.1|FK011747
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|9564352|gb|BE473861.1|BE473861
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|209724302|gb|BW662915.1|BW662915
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|57575614|gb|CX548589.1|CX548589
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|308098505|gb|HO760246.1|HO760246
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|254320364|gb|GR826381.1|GR826381
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|254322236|gb|GR837650.1|GR837650
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|193668417|gb|FK609351.1|FK609351
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|193549227|gb|FK507034.1|FK507034
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: TGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTTGTAGTAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATEST: gi|207816365|gb|GD786674.1|GD786674
genomic: TGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAG-TTG-AG-AGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGAT
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|193349336|gb|FK316494.1|FK316494
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: ATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGGTGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|254335973|gb|GR841298.1|GR841298
genomic: ATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|193621429|gb|FK572317.1|FK572317
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGEST: gi|19269932|gb|BM886188.1|BM886188
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
EST: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAG GGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
genomic: CTATAACTGATGATGGTGAAACATGGCAAGCTGAAGTTCCAGAGATTCAGgttattgcaa ... cctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGG
tgacattcaagggtatctatctcgtcagtggctgatgttaacattcctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGAAGCGGCTCTATGCTACCAACTCACTATTTAGTACTTGGGACAAACAAT
tgttaac putative branch site (score: 2)
cattcctttttc CT-rich tract
ttaacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttggaacaccaatattattatatctgatgcatggatttattcttttgacattcaagggtatctatctcgtcagtggctgatgttaacattcctttttcagGGAAACAAGTTGAGAGGGGGCCCTCAGATGATTCAATTGAGTTTAGATGGGAAGCGGCTCTATGCTACCAACTCACTATTTAGTACTTGGGACAAACAAT
- - -acaccaa
- - - - - - - - - - - - - - gcatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggctga