1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atattgtctaataagttatggtaccatggtttcgtgaatgggggctatttaatggtgacaaaagatatataaaaaattgctgtgctatttgtggggacagAGTATTGTGAGCGGTATGCTAAGAAGGAAAACATTAGCAACTCTACAGCTGAAGAGAGTGGAGATGAGGAAGACATCAGTGAAGAAGAAAGTGGATCTAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G09940.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCATCGTTAATGATGAAGGATAAAAAGCTATATGACCAGAAAGTTAAAG AGTATTGTGAGCGGTATGCTAAGAAGGAAAACATTAGCAACTCTACAGCTEST: gi|213612227|gb|DB976832.1|DB976832
genomic: AGCATCGTTAATGATGAAGGATAAAAAGCTATATGACCAGAAAGTTAAAGgtgagcatat ... gtggggacagAGTATTGTGAGCGGTATGCTAAGAAGGAAAACATTAGCAACTCTACAGCT
EST: AGCATCGTTAATGATGAAGGATAAAAAGCTATATGACCAGAAAGTTAAAG AGTATTGTGAGCGGTATGCTAAGAAGGAAAACATTAGCAACTCTACAGCTG
genomic: AGCATCGTTAATGATGAAGGATAAAAAGCTATATGACCAGAAAGTTAAAGgtgagcatat ... gtggggacagAGTATTGTGAGCGGTATGCTAAGAAGGAAAACATTAGCAACTCTACAGCTG
tatttaatggtgacaaaagatatataaaaaattgctgtgctatttgtggggacagAGTATTGTGAGCGGTATGCTAAGAAGGAAAACATTAGCAACTCTACAGCTGAAGAGAGTGGAGATGAGGAAGACATCAGTGAAGAAGAAAGTGGATCTAG
atttaat putative branch site (score: 4)
tgacaaaagatatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atattgtctaataagttatggtaccatggtttcgtgaatgggggctatttaatggtgacaaaagatatataaaaaattgctgtgctatttgtggggacagAGTATTGTGAGCGGTATGCTAAGAAGGAAAACATTAGCAACTCTACAGCTGAAGAGAGTGGAGATGAGGAAGACATCAGTGAAGAAGAAAGTGGATCTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - -ccatggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgggggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaagata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgtgc