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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttatattcttgctggccatgtactttttgaggtcattttattgtgctttgtattatggaaagacaacttcacctttttctctccttttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G05530.4
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G05530.4 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv11s0016g00700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-------gttatattcttgctggc-catgtactttttgaggtcattttattg--tgctttgtattatggaaagacaacttcacctttt--tctctccttttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC
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gtatatatatttgtttattttggtacatttttttctgaaaattggtccagtaatttccctgttccttttcattacaaactgattatcaaacttcatctttggcatgcagGTCATTACAATATTTTTGTTGGTGATCTTAGCCCTGAGGTTACAGATGCTACACTGTTTGCATGTTTCTCTGTTTATCCTAGCTGTTC

upper sequence: GLYMA17G05530.4 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: EFJ13606 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 5
gttatattcttgctggccatgtactttttgaggtcattttattgtgctttgtattatggaaagacaacttcacctttttctc-tccttttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC
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----------------------------------------gttgtacttttaattttgt--------tttcatttctctgagattatcgtctgtccagGACATTACAATATTTTTGTGGGTGATCTTAGTCCTGAGGTCACAGATGCAACACTCTACGCTGCTTTCTTCATGTATCCTGGTTGTTC

upper sequence: GLYMA17G05530.4 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: EFJ28907 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 5
gttatattcttgctggccatgtactttttgaggtcattttattgtgctttgtattatggaaagacaacttcacctttttctc-tccttttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC
                                         |||| ||||  ||| |           ||||  | | |    |  |  |   |||||| || |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | || |||   ||||   | |||||| |||| ||
----------------------------------------gttgtacttttaatttttt--------tttcatttctctgagattatcgtctgttcagGACATTACAATATTTTTGTGGGTGATCTTAGTCCTGAGGTCACAGATGCAACACTCTACGCTGCTTTCTTCATGTATCCTGGTTGCTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10709423|gb|BF009147.1|BF009147
EST:     GGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: GGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|208252931|gb|GE056729.1|GE056729
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|193443462|gb|FK409208.1|FK409208
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTT-GTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|193640436|gb|FK592779.1|FK592779
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|207772228|gb|GD743577.1|GD743577
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|208092308|gb|GD889373.1|GD889373
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|208308905|gb|GE101633.1|GE101633
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCGT
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|5175311|gb|AI759644.1|AI759644
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|193467443|gb|FK432556.1|FK432556
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAAT
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAAT
EST: gi|11274392|gb|BF324745.1|BF324745
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAA                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGACCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|6454619|gb|AW185302.1|AW185302
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|21889247|gb|BQ742460.1|BQ742460
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|14126550|gb|BG790988.1|BG790988
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGACGTTACAGATGCCA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|208171149|gb|GD967892.1|GD967892
EST:     TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCGA
genomic: TATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
EST: gi|208277576|gb|GE079567.1|GE079567
EST:     CAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG                         GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA
genomic: CAGCCAGAGAGAGGATACCTCAGgttatattct ... ttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgctttgtattatggaaagacaacttcacctttttctctccttttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC
                         cttcacctttttctct  CT-rich tract
     tttgtattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gttatattcttgctggccatgtactttttgaggtcattttattgtgctttgtattatggaaagacaacttcacctttttctctccttttggattcagGTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC

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