Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgccatgtttgtttattatcagtaatcttagtactctgaagtgtgtgtttgtgtgtgtgttatactgtcatctgaatcatgttaacatttcactacagGCACTGGAAAGCTTTCTCCTAAGGTGCCCAAGGGATATTTCTGTTTACTGTGATGAAATTCTTCATTTGACTCTAGAATATCTTAGTTATGATCCAAATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G00570.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G00570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv12s0035g01840.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
----------------gtgccatgtttgtttattatcagtaatcttagt--actctgaag--tgtgtgtttgtgtgtgtgttatactgtcatctg--aatcatgttaacatttcactacagGCACTGGAAAGCTTTCTCCTAAGGTGCCCAAGGGATATTTCTGTTTACTGTGATGAAATTCTTCATTTGACTCTAGAATATCTTAGTTATGATCCAAATT
                 |   |  || | |  ||||    |   |||||  ||  || |   | | ||||   ||     | |     |||| ||  |   |||   | |||| | | ||||| ||||| || ||| | || ||||||||  |||||||||||   || |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| |
gtattgtgtatatgaaattttactttagatatttattttgatgtttagtttaccttgcaccctttatgttatggtaaaattgacttcttcatatgttacatatgcgtaaattttaatgcagGCCCTGGAGAGTTTTTTACTCAGGTGCCCCCGGGATATTTCTTCATATTGTGATGAAATTCTTCATCTTACCCTAGAATATCTTAGTTATGACCCAAACT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgtttgtgtgtgtgttatactgtcatctgaatcatgttaacatttcactacagGCACTGGAAAGCTTTCTCCTAAGGTGCCCAAGGGATATTTCTGTTTACTGTGATGAAATTCTTCATTTGACTCTAGAATATCTTAGTTATGATCCAAATT
                                    tgttaac  putative branch site (score: 2)
                                            tttcact  CT-rich tract
                                      ttaacattt  TA-rich tract