1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tataagtatttattgaaaagttaatttaaacaaaaccttaaggtgattcttgtttgtttcactttgataggcttaatcgtgtctttttctctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTGACAAATTATTTCAAGTGAAACTTTGAAAGCTAGCTATATTTTCTGACAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G26380.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCAGGAATTGGTGCAACCCTTATTCGTCCATCGCTCGGCCAGTGGGTTG GGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGCGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTGEST: gi|58015676|gb|CX702418.1|CX702418
genomic: AGCAGGAATTGGTGCAACCCTTATTCGTCCATCGCTCGGCCAGTGGGTTGgtaagattgt ... ctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTG
EST: AGCAGGAATTGGTGCAACCCTTATTCGTCCATCGCTCGGCCAGTGGGTTG GGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTGEST: gi|193471328|gb|FK438445.1|FK438445
genomic: AGCAGGAATTGGTGCAACCCTTATTCGTCCATCGCTCGGCCAGTGGGTTGgtaagattgt ... ctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTG
EST: CGGCCAGTGGGTTG GGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTGEST: gi|33388517|gb|CA851724.1|CA851724
genomic: CGGCCAGTGGGTTGgtaagattgt ... ctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTG
EST: AGCAGGAATTGGTGCAACCCTTATTCGTCCATCGCTCGGCCAGTGGGTTG GGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGCGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTGEST: gi|58015425|gb|CX702167.1|CX702167
genomic: AGCAGGAATTGGTGCAACCCTTATTCGTCCATCGCTCGGCCAGTGGGTTGgtaagattgt ... ctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTG
EST: AGCAGGAATTGGTGCAACCCTTATTCGTCCATCGCTCGGCCAGTGGGTTG GGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTGEST: gi|208045158|gb|GD843248.1|GD843248
genomic: AGCAGGAATTGGTGCAACCCTTATTCGTCCATCGCTCGGCCAGTGGGTTGgtaagattgt ... ctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTG
EST: TCGGCCAGTGGGTTG GGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTG
genomic: TCGGCCAGTGGGTTGgtaagattgt ... ctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTG
attcttgtttgtttcactttgataggcttaatcgtgtctttttctctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTGACAAATTATTTCAAGTGAAACTTTGAAAGCTAGCTATATTTTCTGACAG
gcttaat putative branch site (score: 4)
cttaatcgtgtctttt CT-rich tract
tttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tataagtatttattgaaaagttaatttaaacaaaaccttaaggtgattcttgtttgtttcactttgataggcttaatcgtgtctttttctctcttttcagGGTGTGCTCTTGGTGATTTGGGTGGTCCCATCATTGTAGCATTTTGTGCTGACAAATTATTTCAAGTGAAACTTTGAAAGCTAGCTATATTTTCTGACAG
- - - - - - - - - - - - - - - caaaacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgtctt