1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gacttgactgctgcatgtgaagctaaatttttttaacaatgttagtatgagtttgtaagtggatacatttgattattaacccatgttttgacatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTATATAAGGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G23710.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAG TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGEST: gi|16281497|gb|BI944518.1|BI944518
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAGgtaagtgttg ... acatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAG TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGEST: gi|8825902|gb|BE209632.1|BE209632
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAGgtaagtgttg ... acatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAG TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGEST: gi|120495142|gb|EH223309.1|EH223309
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAGgtaagtgttg ... acatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: TTCGCTCATTTTTATGG-AAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAG TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGEST: gi|17518600|gb|BM187642.1|BM187642
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAGgtaagtgttg ... acatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAG TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGEST: gi|192296690|gb|FG991258.1|FG991258
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAGgtaagtgttg ... acatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAG TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGEST: gi|209718137|gb|BW657796.1|BW657796
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAGgtaagtgttg ... acatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAG TTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGEST: gi|154204813|gb|EV555075.1|EV555075
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAGgtaagtgttg ... acatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
EST: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAG TTCAATGGTTTGGCATGGCTC-TTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
genomic: TTCGCTCATTTTTATGGAAAATGTTCTTTGAGAAACACGAAGATTACAAGgtaagtgttg ... acatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTG
tatgagtttgtaagtggatacatttgattattaacccatgttttgacatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTATATAAGGAG
atacatttgattatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacttgactgctgcatgtgaagctaaatttttttaacaatgttagtatgagtttgtaagtggatacatttgattattaacccatgttttgacatgtgtagTTCAATGGTTTGGCATGGCTCTTTTTGGGTGTCCCTACAAGCAGCTCATTGCTATATAAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - tgactgc
- - - - - -tgcatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatgtt