Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagttgtcatgcacttaaatattagttaaattaatttgatgtagaggaccttccttatgttattttaaaagtaacctgctttgttttgtccttgttgaagTATGGTGGTGGACCACAGTGCTCCCGATATGGCTCCTGTTATTCCACCAAATGGTACAATGTCGTCTGTCTCAGAAATGCCAGTAAGTCCGACATCAGTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G02860.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16996561|gb|BM085933.1|BM085933
EST:     GTCCCTGCCCCAGGAAACTTTCACCCCATTCGGATGAATTCTGGGAATGA                         TATGGTGGTGGACCACAGTGCTCCTGATATGGCTCCTGTTATTCCACCAAA
genomic: GTCCCTGCCCCAGGAAACTTTCACCCCATTCGGATGAATTCTGGGAATGAgtgagaactt ... cttgttgaagTATGGTGGTGGACCACAGTGCTCCCGATATGGCTCCTGTTATTCCACCAAA
EST: gi|7692308|gb|AW760418.1|AW760418
EST:     GTCCCTGCCCCAGGAAACTTTCACCCCATTCGGATGAATTCTGGGAATGA                         TATGGTGGTGGACCACAGTGCTCCCGATATGGCTCCTGTTATTCCACCAA
genomic: GTCCCTGCCCCAGGAAACTTTCACCCCATTCGGATGAATTCTGGGAATGAgtgagaactt ... cttgttgaagTATGGTGGTGGACCACAGTGCTCCCGATATGGCTCCTGTTATTCCACCAA
EST: gi|9204434|gb|BE330658.1|BE330658
EST:     GTCCCTGCCCCAGGAAACTTTCACCCCATTCGGATGAATTCTGGGAATGA                         TATGGTGGTGGACCACAGTGCTCCCGATATGGCTCCTGTTATTCCACCAAA
genomic: GTCCCTGCCCCAGGAAACTTTCACCCCATTCGGATGAATTCTGGGAATGAgtgagaactt ... cttgttgaagTATGGTGGTGGACCACAGTGCTCCCGATATGGCTCCTGTTATTCCACCAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaccttccttatgttattttaaaagtaacctgctttgttttgtccttgttgaagTATGGTGGTGGACCACAGTGCTCCCGATATGGCTCCTGTTATTCCACCAAATGGTACAATGTCGTCTGTCTCAGAAATGCCAGTAAGTCCGACATCAGTA
                       aagtaac  putative branch site (score: 2)
                                 ctttgttttgtcctt  putative PPT
         ttatgttattttaaaa  TA-rich tract