1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gagatgaggcatgctgcagtatccaactacagcattggctgtgcagttatccttatgagtgatttccttggaatgtgactgacattggtggtaacaacagGAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGGAACAAATTTAGCTATCAGAGATATAAAGTCAAGTGATCCGTATGTTGTTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G13700.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAGTAGTTTTATGGACAGTTTTAAAAGTACTGGTAGTTCACAGAGAATG GAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGGAEST: gi|192331297|gb|FK021008.1|FK021008
genomic: AAAGTAGTTTTATGGACAGTTTTAAAAGTACTGGTAGTTCACAGAGAATGgtaactttat ... gtaacaacagGAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGGA
EST: AAAGTAGTTTTATGGACAGTTTTAAAAGTACTGGTAGTTCACAGAGAATG GAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGGAEST: gi|192319051|gb|FK010615.1|FK010615
genomic: AAAGTAGTTTTATGGACAGTTTTAAAAGTACTGGTAGTTCACAGAGAATGgtaactttat ... gtaacaacagGAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGGA
EST: AAAGTAGTTTTATGGACAGTTTTAAAAGTACTGGTAGTTCACAGAGAATG GAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGG
genomic: AAAGTAGTTTTATGGACAGTTTTAAAAGTACTGGTAGTTCACAGAGAATGgtaactttat ... gtaacaacagGAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGG
gttatccttatgagtgatttccttggaatgtgactgacattggtggtaacaacagGAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGGAACAAATTTAGCTATCAGAGATATAAAGTCAAGTGATCCGTATGTTGTTT
tggtaac putative branch site (score: 2)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagatgaggcatgctgcagtatccaactacagcattggctgtgcagttatccttatgagtgatttccttggaatgtgactgacattggtggtaacaacagGAAGGTATGGTGGAATTTATTGGAATGTTGAAGGTGAAAGTGATTAAAGGAACAAATTTAGCTATCAGAGATATAAAGTCAAGTGATCCGTATGTTGTTT
- - - - gcatgct
- - - - - - - - - - - ccaacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgagtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attggtg