Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgtctttatcctatttcctttttcttgttataatatgaatttaggattttctgattagtattttcaatatatttgcgtgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGTTGTTCCTATTAGTGGTCCAAACACCTTGCCTGTCATATATGACCGTGGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G07190.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G07190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g62800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
-------------gtattgtctttatcctatttcctttttcttgttataatatgaatttaggattttctgattagtattttcaatatatttgcgtgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGTTGTTCCTATTAGTGGTCCAAACACCTTGCCTGTCATATATGACCGTGGG
               | |   ||   | ||||| || |||  ||   | ||||    ||  | ||| |  | ||     ||     |  |    |  | | ||| |||||||||||| ||||| |||  |   | ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||  ||||||| || |||||||| || 
ttctcacaaagacaaaataaattggacttattttctgtttggtgc-gtgatata---ttctgttttgcgcaatatctcattttgcttgctaattttttatgcagGTTTGCAGCTGCATTGATTAATCGTAAACTTGATTGCTGGGTGATGAATGTTGTTCCTGTTAGTGAGCCAAACACACTGCCTGTAATCTATGACCGGGGA

upper sequence: GLYMA14G07190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv13s0019g02250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
---------------------------gtattgtctttatcctatttcctttttcttgttataatatgaatttaggattttctgattagtattttcaatatatttgcgtgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGTTGTTCCTATTAGTGGTCCAAACACCTTGCCTGTCATATATGACCGTGGG
                            | |    |||    |||| |||| |  |  || |  |      || | |||     || | | || |   ||  ||   |   ||  ||||||||| |||||| |||  ||    |   | ||  |||||||| | |||||||||||| | || || || || |||||||||||||||||||| ||||| 
gtaccctattcatctcaagcttgttccatttcaattttcatttattgccttgtggtccttgttgtgcttcatttgaattactccat-atttttatggttaatttcatggttttggcagATTTGCTGCTGCATTGACCGAAAGAAAAGTTGATTGCTGGGTTCTTAATGTTGTTCCTGTGAGCGGGCCCAATACCTTGCCTGTCATATATGATCGTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10846361|gb|BF069278.1|BF069278
EST:     AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGG                         ATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
genomic: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctt ... tgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
EST: gi|298173382|gb|HO016718.1|HO016718
EST:     AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGG                         ATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
genomic: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctt ... tgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
EST: gi|8402904|gb|BE058538.1|BE058538
EST:     AAGAAGATGAGATTAAGAGATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTGTGGAGG                         ATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGG
genomic: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctt ... tgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
EST: gi|27446192|gb|CA953315.1|CA953315
EST:     AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGG                         ATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
genomic: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctt ... tgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatgaatttaggattttctgattagtattttcaatatatttgcgtgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGTTGTTCCTATTAGTGGTCCAAACACCTTGCCTGTCATATATGACCGTGGG
                ttctgat  putative branch site (score: 3)
             attttctgattagtat  TA-rich tract