Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgtttcttccctgttttaatttttttaaatgacaagtcatgaaattcattacattaacatgttacatcctttaaataatttggaagtatatttaagtaaccagttgaatttccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGAGAGGTGACTACTGACAAAATTAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G40130.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6567366|gb|AW234977.1|AW234977
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|192331238|gb|FK020977.1|FK020977
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|192327041|gb|FK015208.1|FK015208
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|192331239|gb|FK020978.1|FK020978
EST:     TACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|21285376|gb|BQ473247.1|BQ473247
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|21285317|gb|BQ473188.1|BQ473188
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCTATT                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|254316461|gb|GR827998.1|GR827998
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|33387977|gb|CA851184.1|CA851184
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|23731199|gb|BU763711.1|BU763711
EST:     AATGCTCCAAAA                         GTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: AATGCTCCAAAAgtaattgttt ... tccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcctttaaataatttggaagtatatttaagtaaccagttgaatttccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGAGAGGTGACTACTGACAAAATTAAG
                            aagtaac  putative branch site (score: 2)
                                           tttcc  putative PPT
     ttaaataatttggaag  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaattgtttcttccctgttttaatttttttaaatgacaagtcatgaaattcattacattaacatgttacatcctttaaataatttggaagtatatttaagtaaccagttgaatttccaacatagGTACTTGGATACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGAGAGGTGACTACTGACAAAATTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG