Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattacttggacgaaacaaactgtatggtaatatggcttttttgtttttctccttaatcttccatgtgaaaatatgttaaattattttgtccactctgctggcagTGTTCCAATATCTTTCTTACCAAGGATCATGATGTTCGCCTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G38980.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G38980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv06s0009g00690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtattacttggacgaaacaaactgtatggtaatatggcttttttgtttttctccttaatcttccatgtgaaaatatgttaaattattttgtccactctgctggcagTGTTCCAATATCTTTCTTACCAAGGATCATGATGTTCGCCTTG
                       |||||  || |||  |  ||  ||    |  ||  | |  ||    | | |||   |     ||||   || |||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| |||||||
-----------------------gtatgtaaaaatgaatgcttatttgagatggttgttttatcactaaagactataagactcactttttagcattctcttggcagTGTTCCAACATCTTTCTTACCAAAGATAAGGATGTCCGCCTTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccttaatcttccatgtgaaaatatgttaaattattttgtccactctgctggcagTGTTCCAATATCTTTCTTACCAAGGATCATGATGTTCGCCTTG
 ccttaat  putative branch site (score: 4)
                                       tccactct  putative PPT
             atgtgaaaatatgtta  TA-rich tract