Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttttgtacttgtgcattttctggaattataaattactcatgatctaatatgtctctacattatatggttttcttcttggcaaaaagctaattacttcttatatgcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGTGGGCTTGTTGCTGCATCTGTACTTTCTAATCCCTTTGAGTATTGTGATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29410.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G29410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0008g00770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-----------------------------------gtatgttttgtacttgtgcattttctggaattataaattactcatgatctaatatgtctctacattatatggttttcttcttggcaaaaagctaattacttcttatatgcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGTGGGCTTGTTGCTGCATCTGTACTTTCTAATCCCTTTGAGTATTGTGATA
                                    ||    |  || |  |   | |||     |  |    |||   |  | |||  |   | |      |||  |||| || ||     ||   || || |   | ||||||   | |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||  || || | ||||||||||| |||||||
gtatgggtatatgtagttatgcttgctcttcaatgatagtactcttagtaataagtattcaaatgtatttttctacattttctttaaattcgtttttttccctatttttttttttttaatctaatattagttgcacttgatatgctctgaaagATTGCAGATGGTGTTGGTGCTTTTCTCATGATGGATATGGCTCACATTAGTGGACTTGTTGCTGCTTCTGTGGTTGCTGACCCCTTTGAGTACTGTGATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193641953|gb|FK590259.1|FK590259
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTT
EST: gi|58018378|gb|CX705120.1|CX705120
EST:     GACTACCCTCGTATGAGAAAA                         A-TGCCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGCCTCATATAAG
genomic: GACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTG-CAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAG
EST: gi|18039880|gb|BM308174.1|BM308174
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
EST: gi|254335574|gb|GR847102.1|GR847102
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
EST: gi|18735429|gb|BM528760.1|BM528760
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
EST: gi|254346462|gb|GR856184.1|GR856184
EST:     TGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: TGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
EST: gi|298190143|gb|HO032264.1|HO032264
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
EST: gi|5127019|gb|AI748755.1|AI748755
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
EST: gi|298186489|gb|HO037122.1|HO037122
EST:     CCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatatggttttcttcttggcaaaaagctaattacttcttatatgcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGTGGGCTTGTTGCTGCATCTGTACTTTCTAATCCCTTTGAGTATTGTGATA
                          agctaat  putative branch site (score: 3)
                             taattacttcttatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttttgtacttgtgcattttctggaattataaattactcatgatctaatatgtctctacattatatggttttcttcttggcaaaaagctaattacttcttatatgcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGTGGGCTTGTTGCTGCATCTGTACTTTCTAATCCCTTTGAGTATTGTGATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC