Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcatttttacctctgccttatttgaaatgttactagcatctttcttctcctaaactgttgatatgtttttcatttaccacatgtctcccctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCAACCGGGACCCAATAACCGGCCAAAATTAGCTTGTGTCATTGCTGAATGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26260.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT2G38730.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
tgcatttttacctctgccttatttgaaatgttacta-gcatctttcttctcctaaactgttgatatgtttttcattt--accacatgtctccccttta---tgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCAACCGGGACCCAATAACCGGCCAAAATTAGCTTGTGTCATTGCTGAATGT-
 | |  ||   || |    |||||  ||| ||  || |||| |  |   |  ||   | ||||||| |   |||||   |   | | | |    |||    | ||||||||||| ||||||||| | |||||| |  ||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||| ||| | ||   ||| ||| |||| ||| 
-gtacgttc-tctttaagctattt--aattttcttatgcatatgaccggtaatag--tattgatatatgactcattgcaatttcttcttttgattttgatgtacagAGAGTGCTTGGAGATGGTTTGTTGGTTATGCGGAAGATTGAGAACGTGGCTATTGG-ACCCAATAACCGGCCTAAACTTGCGGTTGTAATTACTGAGTGTG

upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv13s0084g00620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
tgcatttttacctctgccttatttgaaatgttactagc-atctttcttctcctaaactgttgatatgtttttcatttac-cacatgtctcccctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCAACCGGGACCCAATAACCGGCCAAAATTAGCTTGTGTCATTGCTGAATGT-
    ||  | |||  | |  |    |||  |   | |   ||||| || |  |  |    || |    | |  | | |  | ||| | ||   ||  |||||||||| || ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || || || ||| || |||||||| ||| | || ||||| |||||||||||| 
-ctgttaattccttcggcaaagaccaaaaatgtttggttgtctttatttttttggataagtggtgatctctgaaatgatactcatatatctaattc-tgcagAGAGTTCTTGGAGAAGGCCTTTTGGTTGTGAGAAAGATCGAGAACGTAGCCACTGG-ACCAAACAACCGGCCTAAACTGGCATGTGTGATTGCTGAATGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58015177|gb|CX701919.1|CX701919
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|58025427|gb|CX712168.1|CX712168
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298164520|gb|HO014165.1|HO014165
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGT
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGT
EST: gi|151408761|gb|EV278569.1|EV278569
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298179325|gb|HO027796.1|HO027796
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298174291|gb|HO017627.1|HO017627
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|58021016|gb|CX707758.1|CX707758
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298170313|gb|HO018937.1|HO018937
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|31561148|gb|CD486986.1|CD486986
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|58024086|gb|CX710827.1|CX710827
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|209704174|gb|BW664792.1|BW664792
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGTA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298180377|gb|HO025578.1|HO025578
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|193639764|gb|FK590093.1|FK590093
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|16348066|gb|BI973661.1|BI973661
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|254335396|gb|GR846893.1|GR846893
EST:     CTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: CTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|208315861|gb|GE110605.1|GE110605
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298172532|gb|HO019572.1|HO019572
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|151393429|gb|EV263304.1|EV263304
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298183104|gb|HO028367.1|HO028367
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGT
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGT
EST: gi|163923182|gb|EH038294.1|EH038294
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|209704173|gb|BW664791.1|BW664791
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGA
EST: gi|58021929|gb|CX708670.1|CX708670
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|192298333|gb|FG992108.1|FG992108
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctcctaaactgttgatatgtttttcatttaccacatgtctcccctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCAACCGGGACCCAATAACCGGCCAAAATTAGCTTGTGTCATTGCTGAATGT
                                   catgtctccccttt  CT-rich tract
                atatgtttttcattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgcatttttacctctgccttatttgaaatgttactagcatctttcttctcctaaactgttgatatgtttttcatttaccacatgtctcccctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCAACCGGGACCCAATAACCGGCCAAAATTAGCTTGTGTCATTGCTGAATGT

tgcattt
- - - - - -ctctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgtc