Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagcttattgggtttagcttcatttatgtggaatttgtggacataagatcaggttacatattttgttttgatgcaatgatggttgttacaaaactcacagGTGGTCACTGGGAGCTATTATGTACGAAATGTTGGTGGGATATCCACCTTTTTATTCTGATGATCCAATGTTAACATGTAGGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G18670.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G18670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os10g33640.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
aagcttattgggtttagcttcatttatgtggaatttgtggacataagatcaggttacatattttgttttgatgcaatgatggttgttacaaaactcacagGTGGTCACTGGGAGCTATTATGTACGAAATGTTGGTGGGATATCCACCTTTTTATTCTGATGATCCAATGTTAACATGTAGGAAG
             | ||| || ||||  |  |  |   |  |    || |    |    | ||||   | | | |||  ||  |  |   ||      ||||||||||| ||||| || ||||| |||||| | ||||| ||||| || || ||||||||||| || |||  ||| || || |||
------------gtaagcatcgtttacataaatatctcgtgccatggacc----tcttgagtttgcagtaaagaaat--tgaataatttcaactatctagGTGGTCACTTGGAGCAATCATGTATGAAATGCTAGTGGGCTATCCCCCATTCTATTCTGATGAGCCTATGACAACTTGCAGAAAG

upper sequence: GLYMA13G18670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv07s0005g03690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
aagcttattgggtttagcttcatttatgtggaat-ttgtggaca-taagatcaggttacatattttgttttgatgcaatgatggttgttacaaaactcacagGTGGTCACTGGGAGCTATTATGTACGAAATGTTGGTGGGATATCCACCTTTTTATTCTGATGATCCAATGTTAACATGTAGGAAG
|      | |   | |     | | || |  | | || |||| | | ||| ||      | ||||| |   ||   ||| ||| || ||  |   | |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
agatccttggaactaaaacagagtgatttaaattattatggaaagtcagaacactcctta-attttttccagaccaaattatgattcttttatttc-cacagGTGGTCACTTGGTGCTATCATGTATGAAATGCTTGTGGGGTATCCACCTTTTTATTCTGATGATCCCATGTCAACATGTAGGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51335217|gb|CO979083.1|CO979083
EST:     ATGGGATGGAATGTGATTG                         GTGGTCACTGGGAGCTATTATGTACGAAATGTTGGTGGGATATCCACCTTT
genomic: ATGGGATGGAATGTGATTGgtgagtttta ... aaactcacagGTGGTCACTGGGAGCTATTATGTACGAAATGTTGGTGGGATATCCACCTTT
EST: gi|192315781|gb|FK008491.1|FK008491
EST:     ATTGCTCCAGAAGTTCTTTTGAAGAAAGGTTATGGGATGGAATGTGATTG                         GTGGTCACTGGGAGCTATTATGTACGAAATGTTAGTGGGATATCCACCTTT
genomic: ATTGCTCCAGAAGTTCTTTTGAAGAAAGGTTATGGGATGGAATGTGATTGgtgagtttta ... aaactcacagGTGGTCACTGGGAGCTATTATGTACGAAATGTTGGTGGGATATCCACCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agatcaggttacatattttgttttgatgcaatgatggttgttacaaaactcacagGTGGTCACTGGGAGCTATTATGTACGAAATGTTGGTGGGATATCCACCTTTTTATTCTGATGATCCAATGTTAACATGTAGGAAG
                    ttttgat  putative branch site (score: 4)
        ttacatattttgtttt  TA-rich tract