1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaagtgctaaaaagtgctccatttcattaggtgtcatgaatctaacattgctggggagaatgataaaaccacaacaatgctataaattttttcatactgtcaatcaattataaatcatcttaaatataaacaatcttatcgtacttgataatttataattatatgcaccccatatcagGAACGAATCTCCAACACTGGATACAACATTACCAATGGTCGATGCAGGCCTTTGAAGGACCAGTCAGCTCCTGTATACATAAACATTGGTGATGGAGGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G34960.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAG-TTGATGTTGTGTTTGCTGGTCACGTCCATGCCTATGAACGA-GT GA-CGA-TCTCCA-CACTGGATACA-CAT-ACCA-TGGTCGATEST: gi|192310988|gb|FK000379.1|FK000379
genomic: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCACGTCCATGCCTATGAACGAAGTgtaagtgcta ... cccatatcagGAACGAATCTCCAACACTGGATACAACATTACCAATGGTCGAT
EST: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCACGTCCATGCCTATGAACGAAGT GAACGAATCTCCAACACTGGATACAACATTACCAATGGTCGATGCAGGCCT
genomic: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCACGTCCATGCCTATGAACGAAGTgtaagtgcta ... cccatatcagGAACGAATCTCCAACACTGGATACAACATTACCAATGGTCGATGCAGGCCT
atataaacaatcttatcgtacttgataatttataattatatgcaccccatatcagGAACGAATCTCCAACACTGGATACAACATTACCAATGGTCGATGCAGGCCTTTGAAGGACCAGTCAGCTCCTGTATACATAAACATTGGTGATGGAGGGA
acttgat putative branch site (score: 5)
ttatcgtacttgataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtgctaaaaagtgctccatttcattaggtgtcatgaatctaacattgctggggagaatgataaaaccacaacaatgctataaattttttcatactgtcaatcaattataaatcatcttaaatataaacaatcttatcgtacttgataatttataattatatgcaccccatatcagGAACGAATCTCCAACACTGGATACAACATTACCAATGGTCGATGCAGGCCTTTGAAGGACCAGTCAGCTCCTGTATACATAAACATTGGTGATGGAGGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG