Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcaacagtgacactctccattgtctttcctgtgctttgaagctgcttcccccctcccataattagaatttttataatcgtggacttcaatttttttattagctctaaattcacagaatttgcatatcaattttgcagCTGCAAACATTTTATTGACTGATAACGGTGATGTAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G27300.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19270719|gb|BM886975.1|BM886975
EST:     TGCAATTGATTACCTTCATAATGAAGGAAAAATTCATAGAGACATTAAAG                         CTGCAAACATTTTATTGACTGATAACGGTGATGTAAAGGTT
genomic: TGCAATTGATTACCTTCATAATGAAGGAAAAATTCATAGAGACATTAAAGgtatcaacag ... aattttgcagCTGCAAACATTTTATTGACTGATAACGGTGATGTAAAGGTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acttcaatttttttattagctctaaattcacagaatttgcatatcaattttgcagCTGCAAACATTTTATTGACTGATAACGGTGATGTAAAG
                   ctctaaa  putative branch site (score: 3)
     aatttttttattagct  TA-rich tract