1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tggattttttattcaattatcaatttcatgaagcttctcatgttcaccacttggtaggatatagttatgatattatttttccacaaaaaatttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTCCAGAACTAATATTTGGTGCAACAGAATACACAGCTTCTATTGATATCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G15470.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTEST: gi|10237492|gb|BE806380.1|BE806380
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|193547442|gb|FK501939.1|FK501939
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|193519296|gb|FK473171.1|FK473171
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|208175296|gb|GD975963.1|GD975963
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|37994214|gb|CF805960.1|CF805960
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTNTGGGAGTGCCANAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATEST: gi|192301989|gb|FG995159.1|FG995159
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATAT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGCTACTATCGGGCTEST: gi|193431643|gb|FK395149.1|FK395149
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|193309170|gb|FK273990.1|FK273990
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAAEST: gi|193514122|gb|FK466980.1|FK466980
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAA
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|208039137|gb|GD834645.1|GD834645
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|193345633|gb|FK313744.1|FK313744
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|22525206|gb|BU084017.1|BU084017
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTTCTATCGGGCTEST: gi|208072046|gb|GD871504.1|GD871504
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|208294438|gb|GE091681.1|GE091681
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|254341725|gb|GR852862.1|GR852862
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|19935688|gb|BQ080542.1|BQ080542
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|193588938|gb|FK540980.1|FK540980
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTEST: gi|208096558|gb|GD892867.1|GD892867
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: AGTGCCAAAGTTCTG GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: AGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
accacttggtaggatatagttatgatattatttttccacaaaaaatttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTCCAGAACTAATATTTGGTGCAACAGAATACACAGCTTCTATTGATATCT
atatagttatgatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggattttttattcaattatcaatttcatgaagcttctcatgttcaccacttggtaggatatagttatgatattatttttccacaaaaaatttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCTCCAGAACTAATATTTGGTGCAACAGAATACACAGCTTCTATTGATATCT
- - - - - - - - - - - - ttcatga
- - - - - - - - - - - - - - - - gcttctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaaaaa