1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...cctaatgatgctacatttttatgcttatgtttaattcacttgcttgttcattataaattgtcgatcattaatgttaaggctgttgaacaatctaatgcagGTTAGAAGAGGATGGGATGCCTATATCAGACCAGGAGGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G05400.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTATCATTATTATCACGGAAGCAACAATGATATGGGCACACTTATTGAG GTTAGAAGAGGATGGGATGCCTATATCAGACCAGGAGGAAGEST: gi|208204986|gb|GE004501.1|GE004501
genomic: TCTATCATTATTATCACGGAAGCAACAATGATATGGGCACACTTATTGAGgtaaactcga ... tctaatgcagGTTAGAAGAGGATGGGATGCCTATATCAGACCAGGAGGAAG
EST: GGGCACACTTATTGTAG GTTAGAAGAGGATGGGATGCCTATATCAGACCAGGAGGAAG
genomic: GGGCACACTTATTG-AGgtaaactcga ... tctaatgcagGTTAGAAGAGGATGGGATGCCTATATCAGACCAGGAGGAAG
gttcattataaattgtcgatcattaatgttaaggctgttgaacaatctaatgcagGTTAGAAGAGGATGGGATGCCTATATCAGACCAGGAGGAAG
atctaat putative branch site (score: 3)
atcattaatgttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctaatgatgctacatttttatgcttatgtttaattcacttgcttgttcattataaattgtcgatcattaatgttaaggctgttgaacaatctaatgcagGTTAGAAGAGGATGGGATGCCTATATCAGACCAGGAGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - -tgatgct
- - - - - - - - -tttatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aggctgt