Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaacacgagatgcctaatttctttttgcatgtcagaacttatatcctcatgctgattttttttttttggacaattatatagATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACGGTTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G03060.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17963692|gb|BM270438.1|BM270438
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCCCGATGATGTGCCTGAAGAT                         ATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACGGTTCAG
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCCCGATGATGTGCCTGAAGATgtaaacacga ... aattatatagATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACGGTTCAG
EST: gi|9899237|gb|BE608135.1|BE608135
EST:     TTATCCATTGGATGCCAGTTTT-GACAATCCCGATGATGTGCCTGAAGAT                         ATTAAAACAAACAAGCGCTATGCCCGATCATCTAAATGGACGGATCAG
genomic: TTATCCATTGGATGC-AGTTTTTGACAATCCCGATGATGTGCCTGAAGATgtaaacacga ... aattatatagATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACGGTTCAG
EST: gi|7692015|gb|AW760131.1|AW760131
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCCCGATGATGTGCCTGAAGAT                         ATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACG
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCCCGATGATGTGCCTGAAGATgtaaacacga ... aattatatagATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACG
EST: gi|16347093|gb|BI972688.1|BI972688
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCCCGATGATGTGCCTGAAGAT                         ATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACGGTTCAG
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCCCGATGATGTGCCTGAAGATgtaaacacga ... aattatatagATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACGGTTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatgtcagaacttatatcctcatgctgattttttttttttggacaattatatagATAAAAACAAACAAGCGCTATGCCGGATCATCTAAATGGACGGTTCAG
                       tgctgat  putative branch site (score: 3)
                          tgattttttttttttg  TA-rich tract