1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aaacttaagatgaaaataagctacaaaaatattgcacaagtaatacacttcaataaacttttttgaatttgtatctgattgatgagctactatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTGTAAATGATAAATCAGCTCCTGTATATATAACCATTGGGGATGGAGGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G01000.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCT GAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTTAAATEST: gi|16997288|gb|BM086660.1|BM086660
genomic: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCTgtaagtgcta ... tatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGT-AAAT
EST: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCT GAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTEST: gi|5760211|gb|AI965574.1|AI965574
genomic: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCTgtaagtgcta ... tatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCT
EST: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCT GAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTEST: gi|11273831|gb|BF324220.1|BF324220
genomic: ACAAGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCTgtaagtgcta ... tatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCT
EST: AGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCT GAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCT
genomic: AGGTTGATGTTGTGTTTGCTGGTCATGTTCATGCCTATGAACGATCTgtaagtgcta ... tatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCT
cacttcaataaacttttttgaatttgtatctgattgatgagctactatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTGTAAATGATAAATCAGCTCCTGTATATATAACCATTGGGGATGGAGGAA
gattgat putative branch site (score: 4)
aataaacttttttgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaacttaagatgaaaataagctacaaaaatattgcacaagtaatacacttcaataaacttttttgaatttgtatctgattgatgagctactatgtatcagGAGCGTGTTTCCAATGTTGCATACAATATTGTAAATGGTCTTTGTGCTCCTGTAAATGATAAATCAGCTCCTGTATATATAACCATTGGGGATGGAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - tgcacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgattg