1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ttgtgaaggcatattagatgtctaggcttgaaaattcacaaggaagatgggacttaacatagtattgttgttttttgtattgaccttcaaatggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATTCTGCAATTAGCCATGATGTAAAAGATACAGATATGTCTGAAGCATCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G08290.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|58023403|gb|CX710144.1|CX710144
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|57574672|gb|CX547647.1|CX547647
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|208232773|gb|GE030006.1|GE030006
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAAEST: gi|6847457|gb|AW349818.1|AW349818
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAA
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|254318747|gb|GR830311.1|GR830311
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|151395379|gb|EV265250.1|EV265250
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|208310463|gb|GE107713.1|GE107713
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|6069956|gb|AW099536.1|AW099536
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|208106341|gb|GD905542.1|GD905542
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATEST: gi|209715415|gb|BW684699.1|BW684699
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAAT
EST: GTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|37995492|gb|CF807081.1|CF807081
genomic: GTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATEST: gi|208047939|gb|GD848732.1|GD848732
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAAEST: gi|208244218|gb|GE042515.1|GE042515
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAA
EST: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATG GATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
genomic: GTGCCGGTGCAGCAACATCTGAAGCTGAGAATAAGACAAGTGATTTGATGgttggtgttt ... atggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGAT
gatgggacttaacatagtattgttgttttttgtattgaccttcaaatggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATTCTGCAATTAGCCATGATGTAAAAGATACAGATATGTCTGAAGCATCTG
tattgac putative branch site (score: 2)
tattgttgtttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtgaaggcatattagatgtctaggcttgaaaattcacaaggaagatgggacttaacatagtattgttgttttttgtattgaccttcaaatggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATTCTGCAATTAGCCATGATGTAAAAGATACAGATATGTCTGAAGCATCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- gtgaagg
- - - - - - - - - - - - -gcttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - -attcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - accttca