1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...catcactcatagtgaaataacaagttcacttctcacataagtcttaggattacgctaatggagcatgtttgagtggtttagattgtttggttttaaatagGCATATGTGCAACAGTTGGAGACCAGTCGAGTTAGACTTGCGCAATTAGAGCAAGAACTTCAACGGGCACGTCAGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G42280.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aggattacgctaatggagcatgtttgagtggtttagattgtttggttttaaatagGCATATGTGCAACAGTTGGAGACCAGTCGAGTTAGACTTGCGCAATTAGAGCAAGAACTTCAACGGGCACGTCAGCAG
cgctaat putative branch site (score: 3)
tttggttttaaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catcactcatagtgaaataacaagttcacttctcacataagtcttaggattacgctaatggagcatgtttgagtggtttagattgtttggttttaaatagGCATATGTGCAACAGTTGGAGACCAGTCGAGTTAGACTTGCGCAATTAGAGCAAGAACTTCAACGGGCACGTCAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- tcactca
- - - - - - -gaaataac
- - - - - - - - - - - - - - - -ctcacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agtggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtttg