1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gtttgttttgtttggagcttgtggattaagtttgtggaatgtggagcccttgtttgctgattgctgatgttgaactgtctacttttgccatcctgtttagGCCATGGTTGCAAGAGGAGATCTTGGTGCAGAGCTCCCTATTGAAGAGGTTCCACTTTTGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G37210.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGCAGACTCTATACCAAACTTGCATTCAATTATTACAGCGTCTGATGGG GCCATGGTTGCAAGAGGAGATCTTGGTGCAGAGCTCCCTATTGAAGAGGTTEST: gi|151411074|gb|EV280885.1|EV280885
genomic: GTGCAGACTCTATACCAAACTTGCATTCAATTATTACAGCGTCTGATGGGgtgctaatct ... tcctgtttagGCCATGGTTGCAAGAGGAGATCTTGGTGCAGAGCTCCCTATTGAAGAGGTT
EST: GTGCAGACTCTATACCAAACTTGCATTCAATTATTACAGCGTCTGATGGG GCCATGGTTGCAAGAGGAGATCTTGGTGCAGAGCTCCCTATTGAAGAGGTT
genomic: GTGCAGACTCTATACCAAACTTGCATTCAATTATTACAGCGTCTGATGGGgtgctaatct ... tcctgtttagGCCATGGTTGCAAGAGGAGATCTTGGTGCAGAGCTCCCTATTGAAGAGGTT
gcccttgtttgctgattgctgatgttgaactgtctacttttgccatcctgtttagGCCATGGTTGCAAGAGGAGATCTTGGTGCAGAGCTCCCTATTGAAGAGGTTCCACTTTTGCAG
tgctgat putative branch site (score: 3)
tcctgttt putative PPT
tactttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgttttgtttggagcttgtggattaagtttgtggaatgtggagcccttgtttgctgattgctgatgttgaactgtctacttttgccatcctgtttagGCCATGGTTGCAAGAGGAGATCTTGGTGCAGAGCTCCCTATTGAAGAGGTTCCACTTTTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- -tgttttg
- - - - - - - - gcttgtg
- - - - - - - - - - - - - - -gtttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttgcc