Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtttgttttctgtgcacctgtggactgagtttaagttttctttgaattcattctaaaattaaagtgtattataattactaatttgggatactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCTCTTGGGGAATTCATTCTAACTCACCCTGACATCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G36990.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G36990.2 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: PP1S385_43V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
-ttgttt-gttttctgtgcacctgtggactgagtttaagttttctttgaattcattc-taaaattaaagtgtattataattactaatttgggatactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCTCTTGGGGAATTCATTCTAACTCACCCTGACATCAAG
 |||  | ||  ||  |   | | | || |  |    || |    | |      ||  ||    |    |  | | | | ||  ||  | |  |   || ||| | ||  | ||||| ||   ||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||  | || |||||||||||||||
tttgcctagtcatccat---cttatcgaatttgcaccagctaatctggtggaggttagtagtgcttgcctagagtctcagtaacaaggttgtctgtattgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCTGGGGTTAATGGCTTCACCCTCGATCCTTCACTTGGGGAGTTCATCTTGACGCACCCTGACATCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151399155|gb|EV269026.1|EV269026
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATATATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
EST: gi|151406217|gb|EV276032.1|EV276032
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
EST: gi|17964404|gb|BM271140.1|BM271140
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
EST: gi|120532042|gb|EH260175.1|EH260175
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
EST: gi|213608834|gb|DB957198.1|DB957198
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
EST: gi|17518569|gb|BM187611.1|BM187611
EST:     GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         CTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT
genomic: GGAAGAACATGTTGGCAGCTGGTTATTGTATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtatgataaa ... tactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaattcattctaaaattaaagtgtattataattactaatttgggatactttacagCTTGTGTTAAGCACTGGAAGTGGTGTTAATGGTTTCACCCTTGATCCATCTCTTGGGGAATTCATTCTAACTCACCCTGACATCAAG
                                tactaat  putative branch site (score: 1)
      attctaaaattaaagt  TA-rich tract