1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...attatgtaaaatttctttgtaaatatctgtatatgtaatttgggagtcattttgattttagttgaatagatatttgaatgttttgaatttatttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTGTTTGGTGGAGAAGATATGAGCAGGAAGCTGTTGAATGATGTCCATGTTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G34180.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACATTGAAACATGCCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCA GTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTGEST: gi|193562436|gb|FK518225.1|FK518225
genomic: ACATTGAAACATGCCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCAgtaagtgtgt ... atttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTG
EST: CCAGTTTGGGGTTATTAAGTACTTTCTTGGTGATGTTCCA GTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTGEST: gi|193680450|gb|FK624370.1|FK624370
genomic: CCAGTTTGGGGTTATTAAG-AC-TTC-TGGTGATGTTCCAgtaagtgtgt ... atttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTG
EST: CCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCA GTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTGEST: gi|151395590|gb|EV265467.1|EV265467
genomic: CCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCAgtaagtgtgt ... atttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTG
EST: ACATTGAAACATGCCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCA GTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTGEST: gi|21285502|gb|BQ473373.1|BQ473373
genomic: ACATTGAAACATGCCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCAgtaagtgtgt ... atttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTG
EST: ACATTGAAACATGCCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTCCCA GTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTEST: gi|193712601|gb|FK649708.1|FK649708
genomic: ACATTGAAACATGCCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCAgtaagtgtgt ... atttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTT
EST: ACATTGAAACATGCCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCA GTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTG
genomic: ACATTGAAACATGCCAGTTTGGGGTTATTAAGACTTCTGGTGATGTTCCAgtaagtgtgt ... atttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTG
gtcattttgattttagttgaatagatatttgaatgttttgaatttatttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTGTTTGGTGGAGAAGATATGAGCAGGAAGCTGTTGAATGATGTCCATGTTC
ttttgat putative branch site (score: 4)
tttatttttcc putative PPT
ttgaatagatatttga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attatgtaaaatttctttgtaaatatctgtatatgtaatttgggagtcattttgattttagttgaatagatatttgaatgttttgaatttatttttccagGTAGCTCGTGTGGGACAGTCTGCCACAATGGTTGGTTCCAGAGTGATATTGTTTGGTGGAGAAGATATGAGCAGGAAGCTGTTGAATGATGTCCATGTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgggag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttttg