1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatgttaaagaaatttacttctattgttttatgcctttgaactgctgctttccttctaataaaattcattatcatttttattattgaaaatctgtatagttgtgattgaaagtataaaactaacgttgattaaaatttgctgcaatgatttcatgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTCCCTCCACCACATGAAGATGGACAGCTTGGCTTTCCTTTGGGATCTTCTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G30030.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGAT AGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTCEST: gi|19346892|gb|BM891780.1|BM891780
genomic: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGATgtatgttaaa ... tgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTC
EST: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGAT AGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTCEST: gi|151407586|gb|EV277401.1|EV277401
genomic: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGATgtatgttaaa ... tgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTC
EST: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGAT AGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGGGTGAAAAGTTCEST: gi|58019731|gb|CX706473.1|CX706473
genomic: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGATgtatgttaaa ... tgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTC
EST: AAGCTGCTCNTGCTCNTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGAT AGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTCEST: gi|120493300|gb|EH221467.1|EH221467
genomic: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGATgtatgttaaa ... tgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTC
EST: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGAT AGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTCEST: gi|57574588|gb|CX547563.1|CX547563
genomic: AAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAGCTTCAATCCAACATTGATgtatgttaaa ... tgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTC
EST: TGAGCTTCAATCCAACATTGAT AGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTC
genomic: TGAGCTTCAATCCAACATTGATgtatgttaaa ... tgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTC
aaagtataaaactaacgttgattaaaatttgctgcaatgatttcatgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTCCCTCCACCACATGAAGATGGACAGCTTGGCTTTCCTTTGGGATCTTCTA
ttgattaaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgttaaagaaatttacttctattgttttatgcctttgaactgctgctttccttctaataaaattcattatcatttttattattgaaaatctgtatagttgtgattgaaagtataaaactaacgttgattaaaatttgctgcaatgatttcatgtgtaacagAGAAGGCGTTTAATCACTCATGCAAATGCTAAGAGCAAGAGTGAAAAGTTCCCTCCACCACATGAAGATGGACAGCTTGGCTTTCCTTTGGGATCTTCTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA