1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtattagctggcagtaatttagatatacatttgcaattgacttttttctttcttttttgaggtagagagatcagagtgttacttagttaaattgtctcggttctaactttgatgtatcttgtggctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAATCAGCTTGATGGTTTTAGCAGTGATGACCGGATCAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G29250.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGNNTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|58017156|gb|CX703898.1|CX703898
genomic: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|193451342|gb|FK420562.1|FK420562
genomic: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|254342561|gb|GR858723.1|GR858723
genomic: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|4290740|gb|AI437520.1|AI437520
genomic: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|6482334|gb|AW201601.1|AW201601
genomic: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: GCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|4307528|gb|AI444060.1|AI444060
genomic: GCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: TAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|22525777|gb|BU084588.1|BU084588
genomic: TAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|9901285|gb|BE610253.1|BE610253
genomic: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAAEST: gi|298195294|gb|HO043822.1|HO043822
genomic: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
EST: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAG TGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
genomic: ATTATTTTTATAGATGAAATTGATGCAATTGGTACAAAGCGTTTTGATAGgtattagctg ... ctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAA
tacttagttaaattgtctcggttctaactttgatgtatcttgtggctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAATCAGCTTGATGGTTTTAGCAGTGATGACCGGATCAAG
agttaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattagctggcagtaatttagatatacatttgcaattgacttttttctttcttttttgaggtagagagatcagagtgttacttagttaaattgtctcggttctaactttgatgtatcttgtggctaattgcagTGAAGTAAGTGGAGACAGAGAGGTACAACGAACTATGTTAGAATTGCTTAATCAGCTTGATGGTTTTAGCAGTGATGACCGGATCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT