1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtgattgttaattgggccaatcttactatcttttcaggaatgaatgttccattatcttctctactcaatgttttgtgtttttctcttccattttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAGATATTATTCCTTCAGATCATCCTATGTTACCAGCAATTCCAAGAAAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G29060.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCATGGCCGGG-TGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAATAGCTG-TGGTTNAT GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAACGATGATACGACTTGCCTTGTEST: gi|57574427|gb|CX547402.1|CX547402
genomic: TCATG-CCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAA-AGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGT
EST: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAG GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAEST: gi|37996834|gb|CF808423.1|CF808423
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAG GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAEST: gi|120496010|gb|EH224177.1|EH224177
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: GTGTACCTCCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGTTGGTTAAG GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAEST: gi|193669990|gb|FK613136.1|FK613136
genomic: GTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: GTGTACCTCCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGTTGGTTAAG GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAEST: gi|12488733|gb|BG042256.1|BG042256
genomic: GTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAG GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAEST: gi|37995750|gb|CF807339.1|CF807339
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGTTTTTGGTTAAG GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAEST: gi|57574161|gb|CX547136.1|CX547136
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
EST: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAG GAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
genomic: AGTCATGCCGGGGTGTACCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTGGTTAAGgtgattgtta ... tttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTA
ttccattatcttctctactcaatgttttgtgtttttctcttccattttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAGATATTATTCCTTCAGATCATCCTATGTTACCAGCAATTCCAAGAAAGA
tgttttgtgtttttct CT-rich tract
attttttaaca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgattgttaattgggccaatcttactatcttttcaggaatgaatgttccattatcttctctactcaatgttttgtgtttttctcttccattttttaacagGAAGCTCTAAGGTCAAGAGGGCTGAAGGATGATACAACTTGCCTTGTTGTAGATATTATTCCTTCAGATCATCCTATGTTACCAGCAATTCCAAGAAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA