Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaataccattacttgttattgttttatctcttgattatgctgcctgaactacatgtgaactgtagctatgttgatattctttgctgctattttgctgggttgagatagataagagttaatttatggcttcttgcttatgatgttttgtattatacagTGATACAACAAAGAGCGTTTTGATTGCTTCTACATTTATTCATTTGAAGTGCATGGGCTTTGGAAAATATGCTTCTGACCTCTCATCAGTGTCTCCACGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G02400.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G02400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv07s0005g00200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtgaataccattacttgttattgttttatctcttgattatgctgcctgaactacatgtgaactgtagctatgttgatattctttgctgctattttgctgggttgagatagataagagttaatttatggcttcttgcttatgatgttttgtatta-tacagTGATACAACAAAGAGCGTTTTGATTGCTTCTACATTTATTCATTTGAAGTGCATGGGCTTTGGAAAATATGCTTCTGACCTCTCATCAGTGTCTCCACGA
                                                         | || |  |  ||  |  || || |||||   || |        || |  || || |   ||  |   |    |  |   | |||  || ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||  || ||||||| |   ||    |||| ||| ||| |    |||||||| || || | ||| |||
--------------------------------------------------------attaaat-catttagataaatgttttttgcctgtagtgctgcatatttaagta-atgaatcttggtggttaa--tgctaaatgtgacattgtgtattgctacagTGATACAACAAAGAACGTTTTGATTACTTCCACATACATACATTTGATGCATATTAAATTTGCAAAGTATACCATGGACCTCTCTTCCGTTTGTCCGCGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agatagataagagttaatttatggcttcttgcttatgatgttttgtattatacagTGATACAACAAAGAGCGTTTTGATTGCTTCTACATTTATTCATTTGAAGTGCATGGGCTTTGGAAAATATGCTTCTGACCTCTCATCAGTGTCTCCACGA
           agttaat  putative branch site (score: 4)
      ataagagttaatttat  TA-rich tract