Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtcagcctgttctttaaaatttagtttgatggaaacaacacaaattttactatttcagtagttcatagttaagcatcaaggaatgtttttcctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGGACTTTGCACCATGTTTTGGGTGGTACACTTAACCCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G37020.3
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16346611|gb|BI972206.1|BI972206
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GCCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAACTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|13311670|gb|BG405321.1|BG405321
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|13790160|gb|BG652751.1|BG652751
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|18712556|gb|BM522662.1|BM522662
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|7796714|gb|AW782108.1|AW782108
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
EST: gi|18720947|gb|BM523284.1|BM523284
EST:     CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGAT                         GCCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAACTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG
genomic: CTGATCTGATTCTGCACTCCTTAACAAAATACATGGGTGGACATCATGATgtaagtcagc ... cctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttactatttcagtagttcatagttaagcatcaaggaatgtttttcctctttcagGTCCTTGGTGGTTGCATAAGTGGTTCAATTAAGGTGGTTTCGCAAATTCGGACTTTGCACCATGTTTTGGGTGGTACACTTAACCCG
                                      tgtttttcctctttc  CT-rich tract
                                    aatgttttt  TA-rich tract